由此，对于医疗侵权行为便存在着医学鉴定（医疗事故鉴定）和司法鉴定（医疗过错鉴定）的双轨制。而这两种鉴定方式在鉴定的启动、鉴定人员的组成、鉴定的方式、鉴定的内容、鉴定的监督等方面都不尽相同。从实践来看，医学鉴定是认定医疗纠纷是否属于医疗事故的必经程序，也是卫生行政处理医疗事故必经的环节；但是从诉讼的角度来看，司法鉴定又确实优于医疗鉴定。[13]这些差异一直造成医疗侵权鉴定实践的混乱。一方面，当医疗机构希望尽量减少赔偿费用时，“无论其医疗过错行为是否构成医疗事故，均会极力主张医疗事故技术鉴定，并要求适用《条例》处理以追求最低限度的赔偿或不予赔偿”[14]；另一方面，当医疗机构希望避免卫生行政部门的行政处罚时，又希望法院对纠纷采取司法鉴定的方式，以避免医疗事故的认定。而与此同时，医学会组织鉴定的专家都是医疗行业的专家，存在行业庇护的可能性，其做出的鉴定结论对于患者而言公信力不足，而且患者为了得到最大范围的赔偿，往往不愿意接受医学鉴定的结论而申请法院进行司法鉴定，以便要求按照《人身损害赔偿解释》确定的赔偿标准进行赔偿。如此，医学鉴定在现实生活中便处于尴尬的境地，经常成为当事人力图回避的鉴定方式，其存在的价值便大打折扣了。
在医疗侵权损害赔偿的纠纷中，专业鉴定的重要性毋庸置疑，“一般情况下，责任认定和因果关系认定方面的专家鉴定，对于医疗事故诉讼的结果将起到关键性的作用。”[15]因此必须改变目前鉴定双轨制的状况，建立统一的、具有高度中立性和公信力的鉴定制度，科学设计鉴定人选和监督制度。鉴于目前《条例》规定的由医学会组织医学专家进行鉴定的方式在公信力上遭到了人们的质疑，所以对于医疗侵权纠纷统一由法院来组织司法鉴定的方式更为合理一些。在司法鉴定中，鉴定人作为专家证人主要是对案件中的成因与结果之间的关系做出专业判断，其应当在鉴定结论上签字，对于鉴定结论有不同意见的专家应当在鉴定结论上注明其不同意见。鉴定人员在必要时应当出庭参加庭审质证，并对其做出的鉴定结论承担法律责任。
四、医疗侵权损害的赔偿标准
总体而言，在各项赔偿标准上，《人身损害解释》普遍要高一些，而且规定得更为详细、合理，《条例》的赔偿标准要低一些，而且许多内容规定得较为简单，尤其是对于患者的营养费和死亡赔偿金两项，《条例》完全未作规定，这对于患者的康复和患者继承人的权利保护都是不利的。然而，对于《条例》对医疗事故的较低赔偿标准，学界也是见仁见智。例如，有学者认为医疗事故赔偿的赔偿标准低于国家赔偿和一般的民事赔偿是可以理解的，因为“医疗机构对医疗事故受害人予以赔偿，实际上还是‘羊毛出在羊身上’，对受害人的赔偿最终还是要分摊在所有的患者身上，而不是由国家出资赔偿。对此，在审判实践中应当适用新《条例》规定的赔偿标准判决案件，是有根据、有道理的。”[16]也有学者认为《条例》的赔偿标准是不合理的，“关于赔偿费用的计算，《条例》实行的有限赔偿原则，并再一次表现出作为行政法规比较偏重于保护行业利益的缺点。”[17]现实生活中，患者及其家属在医疗侵权索赔中一般都希望能够通过《人身损害解释》而不是《条例》的赔偿标准来获得赔偿，因为前者的赔偿标准明显高于后者，而且赔偿项目也较后者为多。在实践中，“条例规定的事故赔偿标准和民事赔偿标准存在明显的差距，仅死亡赔偿金一项，在中等经济水平的城市，可相差20万元左右。”[18]
