《反恐怖特别措施法案》规定自卫队可以为美军等提供补给、运输、医疗、通信等志愿服务，同时还可以提供搜救和帮助活动。活动区域包括日本领海、公海以及当事国同意的外国领域。《反恐怖特别措施法案》的主要特点在于：首先，扩大了自卫队的活动范围。1999年通过的《周边事态法》只是规定，假如远东有事，日本自卫队的活动范围只限于日本周边公海。但2001年《反恐怖特别措施法案》却将日本自卫队的活动范围扩大到了国际公海、天空和“当事国同意的外国领域”。其次，开辟战时派遣自卫队的先例和简化自卫队派遣的程序。首次在战时向海外派遣自卫队，这无疑是对本国专守防卫政策的正式放弃，是日本安全政策的重大转折。新法案规定政府可以先派自卫队出兵，然后在20日内取得国会事后承认。再次，日本放宽了自卫队武器使用标准，自卫队在认为必要时便可使用武器。[3]
2001年，日本安全保障会议及内阁会议通过并发表了《关于落实反恐怖特别措施法的基本计划》，将反恐看作是份内的事情，积极参与防止与根除国际恐怖主义的活动，并决定在日本宪法框架内，最大限度地为其他国家提供援助与合作。
日本政府分别在2003年、2005年和2006年三次延长《反恐怖特别措施法案》。2007年《新反恐怖特别措施法案》制定，海上自卫队的任务被限定为燃料和用水补给，并删除了须经国会批准的条款。同时，已失效的《反恐怖特别措施法案》中规定的航空自卫队为供油活动提供的合作支援、搜索救助、灾民的救援活动等内容也被删除。
《自卫队法修正案》规定，自卫队可以进行治安出动也可以担负对驻日美军设施和自卫队设施的警卫。当发现敌方有发射弹道导弹的意图和征兆之后，防卫厅长官必须首先向首相报告情况，并请求发布拦截命令，然后首相再召开内阁会议研究讨论，批准防卫厅长官的请求。防卫厅长官得到授权后向有关部队发布拦截命令，部队实施拦截。2005年6月15日，日本再次通过《自卫队法修正案》，修正案对日本自卫队拦截来犯弹道导弹的法定程序进行了修改，规定防卫厅长官有权直接命令部队拦截弹道导弹。
《海上保安厅法修正案》规定，可以对可疑船只进行警告射击，甚至向船舶发动攻击。“海上保安厅在反复命令船舶停止行进，但该船员不予理睬，并抵抗其执行公务或企图逃跑的情况下，当海上保安厅长官根据该船的外观、航行的状态、船员等的异常举动及其他周围情况，对于此有关的情报作出合理判断，并确认上述情况完全符合该法所列举的事态时，而且海上保安厅或助理有相当充足的理由确信没有其他手段能够阻止该船航行，并在根据事态发展作出合理而必要的判断的限度内，可以使用武器。”
