同时，为了有效打击有组织犯罪，日本于1999年8月12日第145界国会通过和同月18日公布实施了《有关有组织犯罪的处罚及犯罪收益的规制等的法律》（1999年法律第136号，简称《有组织犯罪处罚法》）、《有关为了实施犯罪搜查而采取的通信监听的法律》（1999年法律第137号，简称《通讯监听法》）以及《部分改正刑事诉讼法的法律》（1999年法律第138号），即制定了所谓有组织犯罪相关对策三法。有组织犯罪相关对策三法强化了对有组织犯罪的处罚，规制了犯罪收益的没收、追缴及其保全制度，规定对可疑交易报告制度及有关没收、追征的国际协助程序，以及为侦查犯罪而监听通信的法律规定。
（二）罪名和罪状的比较
我国《刑法》第294条规定，组织、领导和积极参加以暴力、威胁或者其他手段，有组织地进行违法犯罪活动，称霸一方，为非作恶，欺压、残害群众，严重破坏经济、社会生活秩序的黑社会性质的组织的，处3年以上10年以下有期徒刑；其他参加的，处3年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。境外的黑社会组织的人员到中华人民共和国境内发展组织成员的，处3年以上10年以下有期徒刑。国家机关工作人员包庇黑社会性质的组织，或者纵容黑社会性质的组织进行违法犯罪活动的，处3年以下有期徒刑、拘役或者剥夺政治权利；情节严重的，处3年以上10年以下有期徒刑。从犯罪形态来说，我国刑法对有组织犯罪的规定是行为犯，即只要行为人实施组织、领导或参加黑社会性质组织的行为之一即可构成犯罪，无需实施其他具体的犯罪。相比较而言，日本法律对有组织犯罪的规定更多体现在对组织成员实施的个罪进行处罚，而不处罚单纯的组织、领导、参加暴力团的行为。日本是世界上唯一承认有组织犯罪集团合法性的国家。日本宪法保护公民的结社自由以及日本文化中讲求团结合作的传统使“暴力团”的存在既有法律的支持，也有民意的基础。组织“暴力团”在日本传统上被视为宪法上公民结社自由的当然内容，日本法律将打击犯罪行为和打击犯罪组织区别开来并允许“暴力团”合法存在。[16]截至2008年7月15日，日本警察厅共指定了22个合法存在的暴力团。“暴力团”有严密的组织，有相当的政治、经济和社会根基，“暴力团”参与社会公益活动，获取民众支持，并积极参与选举，影响国家政治。[17]
（三）刑事责任的比较
有组织犯罪组织实施的其他犯罪活动，在性质上与个人犯罪和一般团伙犯罪不同，具有更为严重的社会危害性。日本《有组织犯罪处罚法》增补规定了一些特别加重刑事责任的事由。该法第3条规定对有组织的杀人、非法拘禁行为加重处罚，即提高刑法规定此类行为法定刑的上限和下限。如日本刑法第199条规定犯故意杀人罪，处3年以上监禁，而有组织的故意杀人，则处死刑、无期徒刑或6年以上惩役（《有组织犯罪处罚法》第3条第①项第3号）。同时，该法还提高其他犯罪的法定刑：首先，对窝藏与有组织犯罪相关联的犯罪提高了法定刑，该法第7条第①项规定：“对应判处禁锢以上刑罚而作为团体活动的犯罪行为，行为人有组织地实施了下列行为之一的，处3年以下惩役或20万日元以下罚金：（1）窝藏或隐匿罪犯的；（2）毁灭、伪造或变造与该罪相关的他人的刑事案件证据，或者使用伪造或变造的证据的；（3）针对具有关于搜查或审问与自己或他人所犯的刑事案件的必要知识的人员或其亲属，无正当理由而就该事件强行与其见面或要挟其接受商谈的；（4）针对审理被告的犯罪事件的法官、补充法官或其他行使职权者或者其亲属，通过会见、送达文书、打电话以及其他各种手段，就该事件实施胁迫的；（5）针对审理被告的犯罪事件的候补法官或者其亲属，通过会见、送达文书、打电话以及其他各种手段，就该事件实施胁迫的”。其中对窝藏、隐匿罪犯、故意让组织者逃避罪责的人提高法定刑；其次，对有组织的杀人预备犯罪提高法定刑，并增加以营利为目的的组织绑架、诱拐预备罪。
