在实践中，知识产权保护的双轨制模式具有明显的优势。一方面，与司法相比，知识产权行政执法或行政保护比较快捷，有利于及时解决一些事实清楚、所涉事由不是很复杂的纠纷，还有利于及时查处一些侵犯知识产权而扰乱市场秩序的行为，例如查处盗版侵权案件、假冒伪劣案例、冒充专利案件等。对于那些事实不是很清楚、所涉事由比较复杂、所涉标的数额比较大的案件，主要采取司法途径解决。因此，知识产权行政保护与司法保护各有所长，相得益彰。另一方面，正确协调知识产权行政保护与司法保护两者之间的关系，却是一个非常复杂的问题。在我国，具有知识产权行政执法权的行政机关很多，各自负责其中的一个方面，因此，在知识产权行政执法活动中，不仅涉及行政执法与司法保护之间的衔接与协调关系，而且还涉及各行政机关之间的衔接与协调关系。如何处理这两个方面的衔接与协调关系，是今后需要认真研究解决的问题。
(二)我国知识产权行政执法制度
知识产权行政保护，是指各级知识产权行政管理机关依据有关法律的规定，通过法律规定的行政程序，运用行政手段对知识产权进行管理与保护的行政行为。知识产权行政保护的范围非常广泛，涉及知识产权的归属、确权、授权、运用、管理和各种纠纷。其他一些国家和我国香港和澳门特别行政区以及台湾地区对知识产权保护主要采取司法措施，较少采用行政措施。因此，有人建议修改《专利法》、《商标法》和《著作权法》时，取消行政处理制度，与大多数国家(地区)一样只保留司法处理方式。事实上，知识产权行政执法制度不仅没有取消，反而在执法权限、处罚力度以及处理措施方面有所加强。
1.知识产权行政管理机关
我国国家层面的知识产权行政管理机关有国家知识产权局(主管专利和集成电路，1980年建立中国专利局，1998年机构改革始用现名)、国家工商行政管理总局(商标局主管商标注册工作，公平执法局主管反不正当竞争行为)、国家版权局(主管全国的版权工作)、文化部(主管民间文学与非物质文化遗产方面的工作)、农业部和林业局(主管植物新品种登记管理工作)、国家质量监督检验检疫总局(主管地理标志产品登记管理工作)、信息产业部(主管互联网域的注册管理工作)、商务部(主管国际贸易中的知识产权事务)、科技部(主管与科技有关的知识产权事务)等，此外，海关总署(主管知识产权边境保护)与公安部(综合执法职能)也有行政执法的职能。知识产权行政管理机关部门众多、分工过细，致使其工作出现了一定的交叉，甚至重叠。
2.知识产权行政保护的法律依据
《著作权法》、《专利法》、《商标法》等法律关于行政保护的规定有：(l)法条的统计。著作权行政保护条款在1990年《著作权法》中只有6条，2001年的修订还将其中的相关条款合并为5条。《专利法》历次文本中与行政保护有关的条款均为25条，1982年和1993年《商标法》中与行政保护有关的条款均为23条，现行《商标法》增加到了30条。(2)现行法律规定处理知识产权侵权纠纷时不可以“责令赔偿被侵权人的损失”。(3)规定有行使“责令停止侵权行为”的职权。(4)知识产权行政保护的内容重心从对知识产权纠纷的行政处理转移到了对违法行为的行政查处。
