后来，随着商业方法的广泛利用，特别是计算机技术的出现使商业网络软件盛行并产生了巨大的经济效益，美国逐渐将商业方法纳入到专利权领域。如1998年联邦巡回上诉法院判决State Street Bankv.Signature Financial Group案[5],Amazon.com,Inc.v.Barnes and noble,Inc.案[6]等，都明确将商业方法纳入专利权保护范围。根据State Street案，商业方法专利必须有一些有形的或物质化的效果，特别表明商业方法在软件中体现出来，至少使与软件接近的媒介具体化。还如在AT&TCorp.v.Excel Communications,Inc.，案[7]中，法院对有关商业方法、软件和数学算法的可专利性标准提出了自己的主张。在该案中，该联邦巡回法院再次列举美国《专利法》第101条的例外规定，认为专利法能够适应“法律和技术方面的显著变化，要求新的和革新的概念，同时仍然坚持其基本原则”。它严格限制司法界定中把可专利的算法排除到抽象的数学算法中。通过引证State Street案，该法院发现包括算法在内的发明具有可专利性，只要遵循Alappat案的处理方法，该算法能够以“一种有效的方式得到应用”和“作为一个整体以一种有用的方式被应用”[8]。近年来，美国专利商标局已经授予了相当多的商业方法专利。仅以美国花旗银行为例，截止到2001年2月13日，它在美国获得了41项商业方法专利。而且授予商业方法专利的速度增长很快，以1996年至1998年为例，美国专利商标局授予的商业方法专利从165件增至2193件[9]（p.118）。商业方法专利的授予意味着商业方法专利权人有权禁止他人未经许可而实施其商业方法专利。
当然，尽管在美国商业方法已被不折不扣地纳入了专利权的保护领域，商业方法的专利性问题仍然存在争议。如美国律师界很多人认为，描述从事商业活动的专利申请权利要求不是“直接地倾向于（法定的可被允许的）标的”[10]。很多商事主体担心商业方法专利的授予会制约其利用既有的商业模式和技巧从事经营，担心受专利权束缚而不敢自由利用商业方法。一些学者则从专利性的要求考察，否认商业方法的专利性，原因是商业方法专利所描述的商业技艺已经被他人使用或所知道[11]。有些学者则从知识产权的制度价值和与公共政策平衡的角度考察，提出商业方法专利保护方面的争议。如有的学者强调知识产权保护中更大的社会利益，而该社会利益是以更严格限制政府授予专利垄断权为前提的；认为通过对政府授予专利垄断权的限制使创造更便利而促进社会进步，而这些创造如果以在先技艺为基础则容易进行。财产权利的倡导者则表示，界定明确的和可强制执行的知识产权体系是对创造的基本鼓励。在公共政策下平衡这两种观点的方法对改变知识产权的范围也引发了争议，这和有关商业方法的争论相似。还有一种批评认为，商业界几乎每一个人都使用商业方法。因此，具有较广范围的强势商业方法专利过多地起阻碍作用，它们侵占所有商业有效运作所必需的商业基本结构[12]。
