相比较公安机关，检察机关在本案中有值得称道的地方。在初次接触案件时认为案件不符合起诉条件，因而坚持要求补充材料，并称“尸源问题解决不了，检察机关就不再受理案件”。显然检察机关在开始的时候还是坚持了公诉的标准，也按照法律的要求退回补充侦查两次，体现了较好的程序意识。但这仅是昙花一现，此后的行为也真实地反映了意识问题不仅是公安机关的独缺。按照检察院刑事诉讼规则，案件经过两次退回补充侦查，仍然条件不足的，应当决定不起诉；对于公安机关的不应当立案而立案侦查的，应当提出纠正违法意见；对在侦查中存在的决定、执行、变更和撤销强制措施过程的违法行为，应及时提出纠正意见问题。但商丘市检察院既没有决定不起诉，甚至还有后来的第三次退回补充侦查和2002年在政法委协调下违心的起诉，也没有对公安机关搁置案件、不解除对赵作海强制措施的错误行为进行纠正，放弃了其作为法律监督机关的职责，而“上级定调”的借口显然不能否认其违反法律程序的现实。
作为国家的审判机关，法院负有“以事实为依据，以法律为准绳”裁决刑事案件的职责，以看得见的方式实现正义是基本的要求，而按照刑事诉讼法处理刑事案件就是这种方式。虽然赵作海冤案的形成，刑讯逼供和政法委的协调办案是问题的主要焦点，但法院的违法裁决对冤案形成起到了“临门一脚”和“一锤定音”的效果。
首先，审判主体不合法。我国刑事诉讼法明确规定的审判组织只包括独任法官、合议庭和审判委员会，在正式的法律中没有规定政法委有审理案件的权力；不仅如此，即使是法律规定的正式审判组织，也应在案件审理后才能作出裁决。但是在赵作海冤案中，法院不仅放弃了自己审判的权力和职责，而且先定后审，严重违背刑事诉讼的精神。
其次，违背证据认定的基本原则。根据我国相关法律的规定，证据应当查证属实才能作为定案的根据；而且证据应尽量提供原物、原件，证人除几种特殊情况外也应当出庭接受询问。但赵作海案审判前后经历不到半小时，公诉人只宣读了不长的起诉书，辩护人目前留下的记录也就8个字：“事实不清，证据不足”[7]，如果再加上开庭的一些准备工作，记者甚至怀疑证据是否出示，更遑论控辩双方的质证。
最后，严重违反刑事证明的标准，作出“留有余地的判决”。对商丘中院的疑罪从轻判决，有政法人士表示谨慎认可和庆幸，认为毕竟错杀不同于一般的错案，[8]至少为现在的救济提供了可能。其实，这只是五十步笑百步的问题。如果法院能坚持证明标准，达不到标准的就坚决认定无罪，不是更好，也就没有现在的一切问题；即使后来证明无罪判决错误，至少法院还可以找到法律的理由。但现在却以犯了小错而没有铸成大错而窃喜，法院及法官程序意识的有无都令人怀疑。冤案的形成是偶然，更是必然。
