刑事诉讼法的修改已被全国人大屡次提及，专家学者的论证修改稿也出了多版，但刑事诉讼法仍旧是“只闻楼梯声，不见人下来”。最终修改稿的“难产”反映了部门利益协调的困难与认识差异，但如果立法机关不是从人权保障的角度、从限制公权的角度去考虑修改，仅仅囿于利益的权衡，修改稿也将难以期待。
二、刑事程序中的三机关地位与权限应及时规正
我国宪法和刑事诉讼法中分别规定了公安机关行使侦查权、检察机关行使法律监督权和法院行使审判权，从而为解决刑事纠纷提供基本构架和组织保障。[4]基于人民代表大会制度下的“一府两院”，既要分工，也要合作，体现在刑事诉讼法中即为三机关“应当分工负责，互相配合，互相制约”。不仅如此，我国刑事诉讼并没有实行“审判中心主义”，而是诉讼阶段论，也就是把刑事诉讼分为立案、侦查、审查起诉、审判和执行等阶段，立案和侦查阶段由公安机关负责，审查起诉阶段由检察院负责，审判和部分的执行由法院负责，各司其职、各尽其责；每一阶段都只有一个拥有决定权的机关，其它机关的权力（权利）都很小，由此确立每一阶段的权威主导机关，并且充分相信其道德上的自律，能秉公办案，无需其它机关进行制约，进而通过多层次的阶段递进认识，摒除认识上的不足，保证案件真相的发现，从而最终作出公正裁决。
然而，立法的理想被司法实践无情地扭曲，三机关的分工合作蜕变为只有合作没有制约，而且由于三机关之间权力的不对等和缺少制约，阶段论也变成了侦查决定论，甚至“侦查中心主义”。三机关以前都是“刀把子”，是对犯罪分子进行专政的机关，现在仍是联合办案的兄弟单位，是密切合作的司法机关，在财政、人事地方化和司法行政化之下，同是地方的公务员，都有维护大局稳定的责任；而且在公安机关领导通常是地方常委，检察长和院长不是的情况下，三机关必须合作，谁也不敢挑刺，否则，小则视为工作态度问题，大则可上升到政治取向。所以，对于杀人这类地方大案，三机关联合办案，地方领导召集三机关负责人开协调会就不足为奇了。不仅如此，由于司法权的被动性和检察权的程序性，行政性的侦查权就显得异常强大，不仅侦查机关领导的政治地位较高，而且侦查结果对诉讼的影响也最大。由此，阶段论的递进认识，进而起到制约的作用也就荡然无存了。由于侦查机关的侦查不受法院节制，检察机关除在批捕和立案方面的一点“鸡毛”外，没有“令箭”，结果，诉讼阶段论就像是有专家比喻的：“公安是做饭的、检察院是送饭的，法院是吃饭的”，公安做什么饭，法院也只得吃什么饭。尽管公安机关侦查的大部分案件都是合法公正的，但偶有案件变成“夹生饭”也在所难免，此时，检察院和法院虽然也想拿起法律的尚方宝剑，但在协调下，也只好半推半就地接受了。
