第三阶段是向行政法规转型阶段：（从2002年4月《证据规定》实施以后至2002年9月《条例》实施之前）。在这一时期，《条例》、《医疗事故技术鉴定暂行办法》、《医疗事故分级标准》、《病历书写基本规范》、《中医、中西医结合病历书写基本规范（试行）》、《重大医疗过失行为和医疗事故报告制度的规定》等部门规章相继出台，但有不少规定是从2002年9月1日起施行。由于《办法》的规定存在种种弊端，不能很好地保障医患双方的权益，已经明显地不能适应时代的发展。为了弥补《办法》调整医疗纠纷的滞后性，《证据规定》在举证责任问题上作了重大变动，明确了对医疗损害诉讼实行举证责任倒置的规则，即医疗机构须对证明医疗行为不存在过错及医疗行为与损害后果之间不存在因果关系负积极的举证责任。这种举证责任分配规则在法律界、医疗界引起了极大的震撼。如果医疗机构不能证明医疗行为不存在过错或医疗行为与损害后果之间不存在因果关系，就要负举证不能的败诉风险。这主要考虑了医疗纠纷证据多由医疗机构负责保管、患方医学知识缺乏、举证能力较弱等因素，因而减轻了患方的举证责任，加重了医方的举证责任，期望通过举证责任的重新分配补强患方处于绝对弱势的地位，加强对受害患者权利的救济。但是，举证责任的转换仍然没能摆脱《办法》所处的滞后地位，社会各界人士强烈呼吁出台新的替代性法规。
第四阶段是法律适用混乱阶段：（从2002年9月1日《条例》实施开始至今）。《条例》较《办法》作了很多原则性的改进，在体例和结构方面均有较大的变化，对医疗损害的概念进行了科学的界定，并扩大了损害赔偿的范围，对鉴定程序有了明确的规定，进一步增加了患者的权利，规定了医疗损害赔偿的具体项目和标准，提供了三种医疗纠纷争议的处理机制等。《条例》对实务中存在的模糊不清的问题作了进一步的明确规定，在某种程度上保护了患方和医疗机构的合法权益，预防和减少医疗纠纷的发生，多种纠纷处理机制也有利于医疗损害赔偿问题的解决。但是，由于对一般人身侵权和医疗损害的法律法规对当事人的救济程度不同，因此在法院受理的医疗纠纷诉讼中出现了名称不同而实质相同的“医疗事故纠纷”和“一般医疗侵权纠纷”的类型，由此造成了法律适用的混乱。尤其是最高人民法院印发了《通知》文件后，民众对医疗损害赔偿纠纷的理解分歧很大，从而加剧了法律适用混乱的程度。例如，2005年7月北京市高级人民法院针对《条例》的缺陷，印发了具有28个条文的《北京市高级人民法院关于审理医疗损害赔偿纠纷案件若干问题的意见（试行）》，其中关于医疗损害的赔偿标准和计算数额远远突破了《条例》的规定[1]。在这一背景下，目前医疗侵权纠纷的处理又走上了以前的“司法二元化”的老路。社会各界人士对《条例》的争论颇为激烈，纷纷呼吁《侵权责任法》的及早出台和《医疗损害赔偿法》的制定。著名学者杨立新教授指出：“现在的医疗损害到了最为混乱的时期了，混乱到我用一个很学术的词来表述就是‘三个双轨制形成了二元化的结构’。三个双轨制是：案由双轨制，有医疗事故责任和医疗过错责任，即事实双轨制；赔偿双轨制：赔偿方面有人身损害赔偿和医疗事故处理条例；鉴定双轨制：有医学会组织的医疗事故鉴定和司法鉴定机构出具的医疗过错鉴定。三个双轨制就够混乱的了，综合起来就使我们现在医疗事故责任变成了二元的结构，就是两套马车。这种结果在现实当中的表现就是医患关系越来越紧张，已经形成了初步的防御性医疗的态势。”{2}对此，2008年12月22日十一届全国人大常委会审议的《侵权责任法（草案）》（二次审议稿）第七章“医疗损害责任”对医疗损害赔偿的基本问题做出了规定，笔者相信通过对侵权责任法草案的不断修改和完善，将来出台的《侵权责任法》应当对当前医疗损害赔偿案件法律适用的混乱现状予以解决。
二、现阶段医疗损害赔偿案件的特征
在市场经济实行以前，由于传统的计划经济体制对医疗卫生行业的福利保障，民众对医疗水平的需求较低，医疗纠纷相对较少，医患矛盾也并不突出。随着市场经济和医疗体制改革的深化、医疗水平的发展以及民众对医疗消费需求的提高，医患纠纷不断涌现。具体说，现阶段使医患纠纷案件呈现出以下四方面的特征：
第一，医疗损害赔偿案件的数量多且逐年上升，从而导致医患关系的紧张局面。
上世纪90年代后，我国的医疗纠纷开始大幅度增加，医患矛盾也异常尖锐。据中华医学会近期调查显示，在被调查的326所医疗机构中，321所医院存在着被医疗纠纷困扰的问题，发生率为98.47%。医务人员遭受打骂、医院公物任意被毁屡见不鲜，甚至停尸要挟、聚众闹事的恶性事件也时有发生{3}。通常被认为处于强势群体的医疗机构和医务人员，此时反而成了弱势群体。因此，医患关系变得异常紧张，医患矛盾也急剧增加。患方通过诉讼途径起诉医院的现象已十分严重，在法院审理的民事案件中，医疗损害赔偿案件占很大的比重。医院的级别越高，其遭到被起诉的机率越大。以北京市海淀区法院审理的医疗纠纷案件为例。2003年审理89件，2004年审理103件，2005年审理124件，2006年审理138件，2007年审理160件{4}。从此组数据中可以看出，我国医疗损害赔偿纠纷案件一直居高不下，并且呈逐年上升的趋势。
第二，医疗损害赔偿案件的审理周期较长，从而导致超过法律规定的诉讼时限。
