然而，主张宅基地使用权的放开流转并不意味着万事大吉，其由此可能导致的负面效应或许会消解掉开放流转带来的益处。因此，如何在交易中体现出农民集体作为宅基地所有权人的利益、如何区别对待不同取得方式和取得成本的宅基地使用权主体所进行的交易、如何保障农民在宅基地交易中利益得以充分维护、如何防止资本侵入农村后可能发生的农民失地情形、如何在资本的最大收益和宅基地使用权的基本保障功能之间找到合适的平衡、如何在交易中贯彻意思自治和法律调控，如此等等，都需要立法设计者进行深入而全面的思考。我们认为，宅基地使用权是否以及如何进行流转体现了自由与限制的博弈和冲突，具体制度规范设计应以调和其中的自由和限制为主要内容，其主要包括以下：(1)宅基地使用权应采用有条件进入市场的模式。即在下列情况下应当允许宅基地使用权自由流转：一是作为宅基地使用权主体的农户全家迁入设区的市，转为非农业户口[26]；二是在房屋继承中，遗产分割后房屋归属者具有非农业户口或者已不具有本农民集体成员资格；三是作为宅基地使用权主体的农户全家成为其他农民集体成员。除此之外的其他情形，应以不允许宅基地使用权流转为原则。(2)在宅基地使用权流转过程中，本农民集体成员享有同等条件下的优先购买权。(3)宅基地使用权流转需区分具体情况的不同而分别向农民集体缴纳相应费用，以体现农民集体的所有者身份。影响宅基地使用权人缴纳费用的因素主要包括：获得宅基地使用权的原因；宅基地使用权与房屋在交易价格中所占比重；宅基地面积与规定的人均占有面积之间的关系等。(4)宅基地使用权流转出后不得再行向本农民集体申请宅基地使用权。
(四)地役权与自留地、自留山使用权：从保守的制度立场转至开放的立法姿态
就调研情况来看，农村社会实践中的诸多现象可以通过地役权的制度构造实现当事人之间的利益平衡，维护当事人的合法权益，并实现规范化、法律化，但因当事人对地役权制度缺乏认知和法制大环境的制约，地役权制度未能发挥其应有的积极作用。
由于我国物权立法与大陆法系存在一定的传承关系，同时又根据本国实际做了一定程度的改造，因此，作为舶来品的地役权在当下中国这个语境中如何理解、适用需要我们在实施《物权法》时加以认真思考。进而言之，这种传承与改造是否符合我国的现实国情，我国城乡二元结构与地役权的城市、乡村二元分类是否有着某种关联，在新的社会条件下，乡村地役权又会呈现出何种面貌，这些同样也值得我们深思。就具体操作层面而言，在广大农村，地役权设定的主体如何确定，地役权的公示问题，有偿设定地役权时的费用分担(对需役地权利人而言)与分享(对供役地权利人而言)问题，甚至在当事人双方协商不成或处于僵局时的补救方案设计[27]，都是地役权适用中急需解决的难题。
值得注意的是，在农地权利体系中，自留地、自留山使用权也是农地立法中不可忽视的内容。这种权利在实践中问题丛生，在理论上研究薄弱却又没有得到应有的关注，在属性上晦暗不明，在制度构造上模糊不清。从法律理论和历史变迁来看，自留地、自留山使用权应当属于用益物权的范畴，不过有别于土地承包经营权。自留地、自留山使用权制度虽然在我国法律中缺失，从而处于农地权利的边缘，但其存在于我国广大农村社会却是一个事实，故在民法典制定时应将其纳入以便使其能够规范运行。可以说，农村社会现实情况迫切要求在理论上对地役权和自留地、自留山使用权给予科学、务实的说明，在立法上坚持一种开放的不断满足现实需求的立场，进而进行相应的制度构建。
(五)农地登记制度：从行政管理手段到物权的公示公信
《物权法》的颁布实施给我国的农地登记制度带来了契机，这将使我国农地登记制度从过去公法性质上的行政管理模式向私法上的物权登记的公示公信模式变迁过渡。因此，如何很好地施行和规划农地登记制度，将对我国农地制度是一个历史性的转变，对于进一步对农民的土地权益的保障有着更深远的现实意义。土地登记制度在我国农村具有重要的应用前景，是农地承包经营权物权性强化的必由之路。农地权属登记对于物权法上的权属公示具有重大意义。但在当前农地登记制度实然层面上，我国传统模式一直都是采取行政管理登记方式，也就是说，就农地的国家行政管理手段而言，国家主要是通过农地登记将土地的权属关系、用途、面积、使用条件、等级、价值等信息情况记录于专门的簿册，以确定土地权属，进而颁发《农地承包经营权证》等，同时，各级政府又下设专门职能部门对农地进行行政管理，如各级土地行政管理部门主要以审批、登记、备案、处罚违法用地行为等手段为媒介，具体实施对农地利用情况的监督检查及其他行政管理，这是国家加强对土地管理的重要判断依据，同时也为保护权利人享有合法土地权益提供了信息支撑。这样看来，传统模式下我国农地行政管理登记模式，其性质完全是公法性质的，而非民事上的登记行为。从公示公信应然的层面上看，农地登记行为应该是一个民事权利的私法上的登记行为。由于物权具有排他性，其变动主要产生排他性的效果，如果没有由外界辨认其变动的表征，则会使第三人遭受不测的损害。因此要使农地物权具有排他性，防止他人对物的争夺或侵害，必须规定农地物权公示的制度和公示的方法。
尽管《物权法》规定的农地登记对抗主义，对农民土地合法权益的保护具有十分重要的现实意义。但是，从农地法律制度的发展趋势来看，我国应当以《物权法》第129条[28]规定为基础，在农地登记方面，进一步强化农地登记制度的物权法上的私法效力，突出强调农地一旦依法登记，其所有权和使用权均受法律保护，不可侵犯，同时突破过去长期以来对农地登记采取的行政管理功能侧重模式，健全和规范农地产权登记制度，以明确农地权利主体的归属和农地用途的法定性。此外，随着土地承包经营权流转的复杂化，登记对抗主义将来应逐渐过渡到登记生效主义。
(六)农地征收：从适用强制过渡到权益平衡
对农地的征收是与农地的运行密切相关的制度。征收的特点是国家对农民土地所有权的强制取得。由于国家与被征地农民在征收过程中地位的悬殊，国家利用其强权侵害农民利益的情况大量发生。因此，在土地征收中如何由国家强权过渡到征收与被征收者的相对权益平衡，也是确保农地权利运行的重要方面或者说是重要的外部性问题。在这一方面除了依据目前的研究成果，严格界定土地征收目的的公共利益范围、完善征收程序外，还应当特别在以下两个方面作出规定。
1.依法扩大征收客体
农村土地征收在我国是指将集体所有的土地收归国家所有，其法律后果是土地所有权在国家和集体之间发生变动，但不可忽视的是，农地承包经营权是一种用益物权，其可以依据法律的规定进行流转，具有交换价值，在集体土地所有权被征收由国家取得土地所有权时，土地承包经营权亦归于消灭，因而其应被纳入土地征收的补偿范围。因此，对农村土地的征收应不限于土地所有权，而且应当包括土地承包经营权。
将土地承包经营权纳入征收的客体范围符合法律的一般原则，但在我国以往的土地征收实务中却没有将被征收土地上的土地承包经营权作为征收的客体，也就没有将承包权人作为被征收土地上可获得补偿的独立主体对待，在土地征收过程中往往由集体所有权人包揽土地承包经营权人对土地承包经营权的补偿事宜，这极可能导致集体土地所有权人牺牲承包经营权人的利益的情况。因此，应当在法律中明确将土地承包经营权纳入被征收的客体范围，进而将土地承包经营权人为被征地的一方当事人，赋予其在土地征收中知情权、协商权和申诉权，以切实保护土地承包经营权人的合法权益。《物权法》第132条已经规定：“承包地被征收的，土地承包经营权人有权依照本法第42条第2款的规定获得相应补偿。”但如何贯彻执行这一法律规定，使承包经营权人能够成为一独立权利主体参加征地的谈判和补偿的取得显然尚需时日。
