就上述分析可以看出，既有本罪行为，又触犯其他罪名的情况，既可以是有牵连关系，也可能存在吸收关系。由于牵连犯强调数行为是出于“犯一罪的目的”，则无论是出于“自己要偷越国（边）境目的”行为还是“组织他人偷越国边境目的”行为，或者“运送他人偷越国（边）境目的”行为，对触犯的其他罪名的，均可以解释为牵连犯。而吸收犯并不强调目的的同一性，从上述分析也可以看出，具有吸收关系的，只发生在运送他人偷越国（边）境罪的情况下，但是这种情况显然与前述“组织他人偷越国（边）境的行为人自身也偷越国（边）境的”命题是不相符合的。所以，就该命题的情况而言，笔者以为，理解只要是符合“犯一罪的目的”的情况，理解为牵连犯更具有合理性，均可以组织他人偷越国边境罪论处。当然，如果不是利用在同一个机会里实施了两个以上的行为，数罪并罚是比较合理的。此外，对于出于组织他人偷越国（边）境的“组织目的”的行为虽然可以与作为结果的运送他人偷越国（边）境行为形成牵连关系，我认为，由于“组织行为”不能当然包括“运送行为”在其中，予以并罚也不是不可以考虑的。正如盗窃枪支是为实施杀人的目的行为而构成的牵连犯，不需要“从一重处断”而应并罚一样，因为故意杀人非得以盗窃枪支为手段行为；盗窃枪支也并非只能为故意杀人而实施，两者在构成要件之间不存在法律需要“重复评价”的内容，当然是可以予以并罚的。
2．本罪与第319条骗取出境证件罪的关系。有学者认为可以包括两种不同情况：一是行为人为他人组织偷越国（边）境而骗取出境证件，但自己并非组织者。这在认定上必然面临两种选择：一是只构成骗取出境证件罪；二是在构成骗取出境证件罪的同时还构成组织他人偷越国（边）境罪的共犯。二是行为人骗取出境证件用于自己组织他人偷越国（边）境，行为人是组织者。对于前者，论者认为，从立法本意上考察，刑法之所以将本来属于帮助行为的骗取出境证件的行为规定为独立的罪名，是基于打击犯罪的需要将该共犯行为加以实行行为化了。所以，行为人为他人组织偷越国（边）境而骗取出境证件的行为，应该仅构成骗取出境证件罪，不能再认定为组织他人偷越国（边）境罪的共犯。对于后者，骗取出境证件的行为与组织他人偷越国（边）境行为之间存在手段行为和目的行为的牵连关系，符合刑法中牵连犯的特征，应当从一重罪处断而不是数罪并罚。[17]还有学者表达了相同的观点。[18]在笔者看来，对于第一种情况认为只构成骗取出境证件罪还值得商榷。因为在集团犯罪和一般共同犯罪中，如果因为分工的不同，有的只实施骗取出境证件行为而为组织他人偷越国边境做准备的，不认为是共同犯罪是没有道理的。还是具体问题具体分析对待合理。
