调整司法机构的内部关系是近年来我国刑事司法改革的主要内容之一。1996年的刑事诉讼法修改扩大了合议庭的权力，明确赋予合议庭对除“疑难、复杂、重大的案件”以外的“一般案件”拥有独立自主的审理权和判决权；对于疑难、复杂、重大的案件，在未经开庭审理之前，院长也不得将案件提交审判委员会讨论决定，只有在合议庭开庭审理之后，认为难以作出决定时，才由合议庭提请院长决定提交审判委员会讨论决定。在一定范围内保留审判委员会处理案件的权利，其积极意义在于：（1）在实体法和程序法尚不完备的情况下，可以通过审判委员会对办案的指导和监督，解决适用法律中的疑难问题；（2）在法官素质偏低、独立执法能力较差的情况下，可以发挥法院的整体优势和集体智慧，弥补法官个人的知识、经验和执法能力方面的不足；（3）在法制环境较差、对法官的法律保护不充分、外部干扰较多的情况下，有利于以法院整体的力量抵御外部对审判活动的干扰。在我国目前的情况下，对一些重大疑难的案件由审判委员会进行把关是十分必要的。但审判委员会讨论决定案件，是采取间接原则，使审理权与判决权相脱节，这有其局限性和不合理性。而且，这样做也使得法官的个人职务责任制难以实行。扩大合议庭的权限是贯彻审判独立原则的重要一步。随着法官独立执法能力的提高，应逐步减少提交审判委员会决定的案件数量。此外，审判委员会在审理案件时可以经过阅卷，在讯问被告人、听取被害人、辩护人、诉讼代理人意见的基础上再讨论作出决定，从而避免完全的书面审理。
2005年最高人民法院发布的《人民法院第二个五年改革纲要》对于改革和完善审判组织与审判机构提出了如下设想：改革审判委员会的组织制度和程序制度，完善审委会审理案件的程序，切实做到审理与裁判的有机统一；审委会委员可以直接组成合议庭审理重大、疑难、复杂案件或者具有普遍法律适用意义的案件，全面发挥审委会的作用；建立法官依法独立判案责任制，要求院长、庭长参加合议庭审理案件，逐步实现合议庭、法官负责制；健全人民陪审员管理制度，充分发挥陪审制度的功能；改革和完善人民法庭工作机制，密切人民法庭与社会的联系。上述举措对于进一步理顺合议庭与审判委员会之间的关系，无疑具有积极意义。
在人民法院内部，值得关注的另一问题是司法的行政化。司法的行政化体现在司法机关地位的行政化、司法机关内部人事制度的行政化、法官制度的行政化、审判业务上的行政化、审级间的行政化、司法机关职能的行政化等诸多方面。司法的行政化为行政权干涉司法权提供了可能、严重影响了法官的独立审判、严重威胁到审级监督体系，进而对司法公正造成严重影响。未来的刑事司法改革应当将去行政化作为改革重点之一，全面实现司法行政和司法审判的分立，严格按照刑诉法规定区隔不同审级，保障审级独立；排除行政对司法的干扰，保障法官独立。
