改造现行的刑事诉讼纵向构造的关键在于建立以司法裁判为中心的刑事诉讼构造。主要表现为：（1）在侦查程序中由一个中立的司法机关负责就所有涉及个人基本权益的事项进行司法授权和审查；（2）在整个诉讼过程中，那些权益受到限制或剥夺的公民可以向法院提起诉讼，从而引发法院就此事项进行的程序性裁判活动；（3）对于检察机关所作的起诉或不起诉决定，司法机关可以进行一定的司法审查；（4）法院通过法庭审判，可以对审判前活动的合法性进行司法审查；（5）包含着控方证据和结论的案卷材料，对法院不具有任何预定的法律效力，法庭可以通过进行直接和言词辩论式的听审，就被告人是否有罪做出独立的裁判；（6）基于司法裁判在刑事诉讼中所处的中心地位，法院与警、检机关在组织和运作方式上都具有极为明显的区别。{2}（P220—255）
从横向构造来看，检察机关在庭审中不是与辩护主体平等对抗的一方当事人，而是处于与审判机关共同作为国家专门机关追查犯罪并且又对审判活动进行监督的特殊诉讼地位。检察机关“一身二任”，背离了其当事人属性，削弱了审判的权威。2004年，联合国任意拘留问题工作组应邀对中国进行了访问。该工作组在提交给联合国人权委员会的报告中指出：公诉人的地位不符合国际要求；把审判机关置于检察机关之下的规定与国际规范不一致；2005年，酷刑问题特别报告员诺瓦克应邀对中国进行了访问。在他的报告中，他建议检察官批准逮捕的权力应当移交给法院。我国检察机关的地位需要进行调整。
重构公检法三机关的关系，其着眼点应当放在突出刑事诉讼制度的司法功能，实现司法的本我定位：即司法的核心是审判，检验司法的本我定位，是要确立审判就是司法，司法就是审判（司法系统中非审判的功能，只能是为了服务于审判而存在）；审判功能不能割裂，也不能与其它非审判部门的功能混同或混淆，否则司法将不成其为司法。理想的司法，要与上下指挥、主动行使权力的行政权有所区别，也要与通过开放讨论的表决方式制定法律规范的立法权有所区别，否则司法即会失去本我，也无法建立本我。
三、刑事司法机构改革——内部关系之调整
我国刑事诉讼法第5条规定：“人民法院依照法律规定独立行使审判权，人民检察院依照法律规定独立行使检察权，不受行政机关、社会团体和个人的干涉。”依此规定，人民法院、人民检察院作为一个整体，集体对审判权、检察权的行使负责。根据宪法和人民法院组织法的有关规定，在行使审判权上，上下级人民法院之间是监督与被监督的关系；在行使检察权上，上下级人民检察院之间是领导与被领导的关系。即人民法院以审级独立的方式依法独立行使审判权；人民检察院以系统独立的方式依法独立行使检察权。
