而我国刑法理论界自从立法确立单位犯罪以后，就很少有涉及单位犯罪处罚根据的学说，[31]往往是“着眼于探索单位成员的刑事责任根据”进行研究。[32]其中较为代表性的观点包括整体社会责任论和人格化社会系统责任论的对立。前者主张单位犯罪的刑事责任是个整体犯罪、一个犯罪主体、一个处罚主体的整体犯罪刑事责任。双罚制不是对两个主体，而是对一个主体即单位的整体处罚，是同一刑事责任根据单位成员在犯罪中所处的地位和作用不同而作不同分担，是对单位的犯罪行为的综合性的全面处罚。[33]但是，该种学说存在一个突出的问题就是：既然单位成员不是犯罪主体，那么让其承担刑事责任岂不是“代人受罚”？人格化社会系统责任论则认为，在法人犯罪中，实际上是一个犯罪（法人整体犯罪），两个犯罪主体（法人和作为法人构成要素的自然人）和两个刑罚主体（两罚制）或者一个刑罚主体（单罚制）。[34]该种学说的突出问题是：单罚制存在的理由缺乏，既然是两个犯罪主体，就应当统一实行双罚制。事实上，无论是大陆法系或英美法系关于法人归责根据的争论还是我国关于主体一元还是二元的争论，在本质上都没有否定自然人独立犯罪的问题。在单位犯罪中如果否定自然人刑事责任分担的要素，则即使是对于单位雇凶杀人也无法追究自然人的刑事责任，这样的结论显然是不能被接受的。
此外，再让我们先来比较一个相同问题不同的处理模式：《法国刑法典》第131条规定：“在法律有规定时，法人犯重罪或者轻罪得处下列一种或几种刑罚：如法人之设立即是为实施犯罪行为，或者法人被转移经营目标而实施犯罪行为，其所犯重罪或轻罪对自然人可处5年以上监禁刑者，法人予以解散。”1999年最高人民法院《关于审理单位犯罪案件具体应用法律有关问题的解释》第2条规定：“个人为进行违法犯罪活动而设立的公司、企业、事业单位实施犯罪的，或者公司、企业、事业单位设立后，以实施犯罪为主要活动的，不以单位犯罪论处。”两种处理模式和结论孰优孰劣暂且不论，但是两者都肯定了对自然人的处罚，更为需要引起注意的是：从我国司法解释的态度上看，至少沿袭了立法者最初的意图：单位犯罪中自然人的处罚根据并非依据单位犯罪成立。如果这样，以下的观点就难以成立：“单位犯罪是以双罚制为主，个人的刑事责任是以单位构成犯罪并且追究刑事责任为前提，单位不构成犯罪，不承担刑事责任，当然不存在单位中的主管人员和直接责任人员作为个人承担刑事责任问题。”[35]并且，该种观点在逻辑上也存在问题：首先判断单位不构成犯罪，然后判断自然人也不构成犯罪。事实上，首先应当判断自然人是否构成犯罪，然后再看单位是否被规定为犯罪主体，如果单位被分则规定为犯罪主体，则对单位也同时处罚。如果单位没有被规定为犯罪主体，则对单位不处罚，但是对自然人的处罚并不影响，因为自然人的行为已经符合相关犯罪构成，不能认为单位不构成犯罪就不处罚自然人。当然，如果规定单位为犯罪主体，只处罚自然人—单罚制的情况下，自然人刑事责任追究的依据以单位构成犯罪为前提。因此，单位犯罪中负责的主管人员和直接责任人员刑事责任的根据应当以单位构成犯罪为前提的论点并不适用于所有单位犯罪。自然人刑事责任的独立分担从以后连续出台的相关解释中似乎也能够得到进一步确认。例如，(1)1998年最高人民法院《关于企业犯罪后被合并应当如何追究刑事责任问题的答复》中指出，人民检察院起诉时该犯罪企业已被合并到一个新的企业，仍应依法追究原犯罪企业及其直接负责的主管人员和其他直接责任人员的刑事责任。(2)2001年《全国法院审理金融犯罪案件工作座谈会纪要》中规定，对于应当认定为单位犯罪的案件，检察机关只作为自然人犯罪案件起诉的，人民法院应及时与检察机关协商，建议检察机关对犯罪单位补充起诉。如检察机关不补充起诉的，人民法院仍应依法审理，对被起诉的自然人根据指控的犯罪事实、证据及庭审查明的事实，依法按单位犯罪中的直接负责的主管人员或者其他直接责任人员追究刑事责任，并应引用刑罚分则关于单位犯罪追究直接负责的主管人员和其他直接责任人员刑事责任的有关条款。(3)2002年最高人民检察院《关于涉嫌犯罪单位被撤销、注销、吊销营业执照或者宣告破产的应如何进行追诉问题的批复》中指出：涉嫌犯罪的单位被撤销、注销、吊销营业执照或者宣告破产的，应当根据刑法关于单位犯罪的相关规定，对实施犯罪行为的该单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员追究刑事责任，对该单位不再追诉。以上三个司法解释运用同一个原理，即自然人刑事责任与单位刑事责任是分离的，不存在彼此相互依赖的问题。
