其次，对于侦查人员违反法律程序获取的物证、书证，两个证据规定尽管没有明确规定证明责任的分配规则，却包含了由申请排除的一方与收集证据的一方共同承担证明责任的意思。具体而言，被告方一旦对物证、书证的合法性提出了异议，需要证明该物证、书证的取得“明显违反了法律规定”，并且还要证明采纳该项物证、书证“可能影响公正审判”。当然，考虑到被告方不具有较强的调查能力和举证能力，被告方所要完成的证明活动只需要达到优势证据的标准即可。只有达到这一步，法庭才会将证明责任转移给公诉方。公诉方这时需要承担证明责任，也就是提出证据证明侦查人员收集物证、书证的行为没有“明显违反法律规定”，采纳该项证据也不足以“影响公正审判”。当然，这种证明也需要达到事实清楚，证据确实、充分的程度。法庭经过审查，一旦确认公诉方的证明达到了法定的最高标准，就可以直接驳回被告方的申请，不再将非法物证、书证排除于法庭之外。但是，假如公诉方没有提供任何证据，或者无法证明侦查人员不存在违法行为，也无法排除采纳该证据影响公正审判的可能性，这时法庭也不能遽然将证据予以排除，而应责令公诉方采取补正行为。所谓“公诉方的补正”，其实包含着公诉方通过重新收集有关物证、书证，重新制作相关笔录，或者给出合理的解释或说明，来弥补原来的程序瑕疵问题。这种对程序瑕疵的补救行为，以及随后向法庭所做的解释和说明，带有承担证明责任的意思，也就是向法庭证明该项非法取证行为的程序瑕疵一经获得补救，法庭没有必要再做出排除证据的决定。
再次，对于侦查人员违法获取的被告人供述，两个证据规定确立了“两步式的证明责任分配规则”。这一规则是根据法庭初步审查与正式裁判程序的分离机制来确立的。在法庭初步审查阶段，法官所要解决的是应否受理被告方有关排除非法证据的申请问题，也就是程序性裁判程序的立案问题。被告人及其辩护人有义务向法庭提出相关的证据或者线索，以证明“涉嫌非法取证的人员、时间、地点、方式、内容等”相关事实和信息。换言之，被告方为说服法庭作出受理诉讼申请的决定，需要承担初步的证明责任。假如被告方不能提出任何相关证据或者线索，法庭也没有对被告人供述取得的合法性产生疑问的，那么，法庭将拒绝受理被告方的诉讼申请，不仅不会作出排除证据的决定，甚至就连启动程序性裁判程序的决定都不会作出。司法解释之所以要求被告方承担初步的证明责任，主要是为了避免被告方滥用诉讼资源，无根据地行使诉讼申请权，以至于造成诉讼的不合理拖延。同时也是为了引导被告方提前做好调查收集证据的准备，以便有效地行使诉权，从而成功地说服法院排除非法证据。当然，为了避免使被告方受到不公平地对待，司法解释也对这种证明确立了较低的证明标准。具体说来，被告方提供的相关证据或线索，只要证明对被告人供述取得的合法性“有疑问”的，就足以达到说服法庭受理的程度了。
在法庭对被告人供述取得的合法性产生疑问后，法庭即应启动正式的程序性裁判程序，也就是非法证据排除的听证程序。这一程序启动的标志是，法庭责令公诉方承担证明被告人供述取得的合法性的责任。对于被告人供述取得的合法性，公诉方对假如不提供证据加以证明，或者所提出的证据不够确实、充分的，法庭都要做出排除该项供述的决定。这显然说明，在被告人供述合法性的证明问题上，新的司法解释确立了有条件的“证明责任倒置原则”，也就是在被告方承担初步证明责任、法庭正式启动程序性裁判程序的情况下，公诉方才承担证明公诉合法性的责任。并且，这种证明需要达到事实清楚，证据确实、充分的程度，也就是我国刑事诉讼中的最高证明标准。公诉方拒绝承担证明责任或者证明没有达到这一标准，都将导致法庭作出排除非法证据的后果。
按照《非法证据排除规定》的要求，公诉方承担证明责任的主要方式是提供证据材料和通知相关人员出庭作证。首先，为证明侦查行为的合法性，公诉方应当向法庭提供两种证据材料：一是侦查人员所做的讯问笔录，二是原始的讯问过程录音录像资料。前者是指侦查人员所制作的全部讯问笔录，包括记录有罪供述的笔录和记录无罪辩解的记录，法庭可以将这些讯问笔录交由被告方予以审核，必要时当庭予以宣读。后者则包括侦查人员对预审讯问过程所做的全程录音录像，法庭可以将该录音录像当庭播放。公诉方提供这两种证据材料的目的，在于向法庭展示侦查人员讯问被告人的全部过程，以便核实这种讯问程序是否存在刑讯逼供等非法取证的行为。正因为如此，公诉方向法庭提供的应当是全部讯问笔录，所提请法庭播放的应当是原始的全程录音录像，而不应是经过剪辑的录音录像，更不能是原始录音录像的复制件。
不仅如此，为证明讯问活动的合法性，公诉方还可以提请三类人员出庭作证：一是讯问时其他在场的人员；二是其他证人；三是“讯问人员”。所谓“讯问时其他在场的人员”，是指除讯问人员以外的其他参与者，如负责录音录像的人员、负责讯问场所管理的人员等；所谓“其他证人”，主要是指与被告人同监所的在押犯等。至于“讯问人员”，则是指那些负责讯问被告人的侦查人员，他们不仅参与了整个讯问过程，而且对讯问过程制作了笔录，有时候还制作了录音录像资料。
侦查人员出庭作证制度的确立，是新的司法解释所取得的又一重大制度创新。长期以来，侦查人员拒绝出庭作证的问题，一直是困扰中国刑事司法制度的一个严重问题。过去，无论是刑事诉讼法还是司法解释，都没有对这一问题做出有效的解决。结果，遇有被告方诉称侦查行为存在违法问题、要求排除非法证据的情形，法庭要么拒不审理，要么责令公诉人“调查核实”，而公诉人则最多向法庭提交一份由侦查机关起草的“情况说明”，法庭凭此说明便否定了侦查人员的非法取证问题。[27]而根据《非法证据排除规定》，公诉方通过提供讯问笔录和原始录音录像仍然“不能排除刑讯逼供嫌疑的”，应当提请法庭通知侦查人员出庭作证，对该供述取得的合法性予以证明。被告方申请通知讯问人员或者其他证人出庭作证的，法庭必要时还可以宣布延期审理。
考虑到在被告方提出排除非法证据的申请后，法庭一旦启动正式的程序性裁判程序，就意味着侦查行为的合法性成为法庭审理的对象，因此，负责调查取证的侦查人员事实上处于“程序上的被告”的地位。出庭作证的侦查人员在法庭上所做的陈述，有些像行政诉讼中被告的陈述。正因为如此，出庭作证的侦查人员所提供的其实是一种特殊的言词证据，也就是有关侦查行为过程及其合法性的口头陈述。与传统的证人证言不同的是，侦查人员不是就犯罪事实提供证言，也不是就与量刑有关的事实情节作出陈述，而是就程序事实向法庭提供“真实情况”。在一定程度上，侦查人员所提供的其实是一种“程序陈述”。
