尽管我国侦查程序与由证到供侦查模式的基本精神是一致的，但是从司法实践来看，检察机关自侦部门往往采用了由供到证的侦查模式：侦查机关在掌握了一定的犯罪线索以后，立即讯问犯罪嫌疑人，然后再以犯罪嫌疑人的供述为线索收集其他证据。如果收集的其他证据与犯罪嫌疑人的口供有出入，就继续讯问犯罪嫌疑人。“整个刑事侦查活动基本上都是围绕犯罪嫌疑人的口供来进行的。实际部门把这一侦查模式形象地比喻为‘挤牙膏’，挤一点查一点，挤多少查多少”{5}(P.300-301)。客观地说，这种侦查模式具有一定的现实基础。第一，腐败犯罪通常属于无被害人犯罪，往往没有现成的犯罪现场或者犯罪痕迹可供侦查人员去勘验、检查，再加上腐败犯罪本身具有较强的隐蔽性、智能性，因此，侦查人员在侦查过程中的确难以收集到足够多的实物证据，而能够目睹腐败犯罪过程的知情人员也不多见。第二，“我国正处在社会主义初级阶段，经济、文化还不发达，因而侦查活动中国家的财力投入、科学技术水平和装备建设程度都远不能适应对各类证据特别是物证的收集、固定和鉴别的需要”{6}(P.67)。第三，“由于封建思想的影响，重人情、轻法制的思想观念具有广泛的基础，群众普遍不愿作证，这给侦查机关收集证人证言造成很大困难”{6}(P.68)。第四，如前文所述，我国正处在社会转型时期，腐败犯罪还处在高发期，国家和社会要求司法机关惩治腐败犯罪的愿望比较强烈。第五，侦查人员在知识结构、侦查水平、侦查经验等方面的局限性还难以满足由证到供侦查模式的需要。
尽管我国检察机关自侦部门沿用由供到证的侦查模式具有一定的客观原因，但这种模式的缺陷是不容置疑的。第一，在腐败犯罪嫌疑人的主观故意往往难以查证的情况下，[5]容易产生刑讯逼供的现象，而刑讯逼供不仅侵犯了犯罪嫌疑人的人权，而且与法治精神、程序公正格格不入。在屈打成招的情况下，还容易造成冤假错案。当前，一些地方刑讯逼供屡禁不止，冤假错案时有发生，都与由供到证的侦查模式有密切的关系{6}。第二，由供到证的侦查模式容易导致侦查机关采取以拘代侦、以捕代侦的结果，而以拘代侦、以捕代侦又容易导致强制措施的滥用，从而带来超期羁押的恶果。第三，基于趋利避害的本性，犯罪嫌疑人在讯问过程中所作的供述往往具有虚假性、欺骗性和易变性，如果过于相信犯罪嫌疑人的供述，轻则误导侦查或者贻误战机，不利于查明案件事实真相，重则产生冤假错案，损害犯罪嫌疑人的合法权益。第四，尽管由供到证的侦查模式在某些情况下有助于提高侦查的效率，但是，如果犯罪嫌疑人，坚持拒绝供述，检察机关的侦查活动往往会陷入被动的境地。
为了提高我国在侦查环节控制腐败犯罪的能力，保障犯罪嫌疑人的人权，防止刑讯逼供，改变目前过于依赖犯罪嫌疑人供述的局面，我国亟待转变由供到证的侦查模式，逐渐实行由证到供的侦查模式。只有这样，所谓“铁案”才有可能具有比较坚实的基础。在笔者看来，要想转变由供到证的侦查模式，必须从软件和硬件两个方面同时着手。
从软件来看，我国应当从以下几个方面来促使侦查模式的转变：第一，转变观念。长期以来，我国检察机关之所以采用由供到证的侦查模式，一个重要的原因在于口供主义情结和有罪推定的思想定势。正像有的学者所指出的那样：
我国有着两千多年的封建主义传统，自秦代以来历代王朝就将刑讯作为一种法定的侦查手段加以规定，法官判案必取“输服供词”，刑事诉讼实行“无供不录案”。这种封建主义的“重口供，轻证据”的诉讼传统在短期内无法消除。此外，我国古代刑事审判中一直实行有罪推定，建国至1996年刑事诉讼法修正前，法律对疑案的处理未作规定，司法实践中实行“疑罪从挂”，实质上仍然是有罪推定，即所谓“被告进门三分罪”。既然犯罪嫌疑人在判决生效前已被先入为主地认定为有罪，侦查人员对其百般讯问，也就不足为奇了{5}(P.304)。
