最后，办案经费紧张。目前，经费紧张是我国司法机关普遍面临的一道难题。一方面，虽然我国经济发展的速度比较快，其经济总量也比较可观，但是，由于人口众多，人均国民收入较低，因此，中国仍然属于经济比较落后的国家。这决定了中国投入到司法机关的办案经费并不是很宽裕。尤其是在基层司法机关或者经济欠发达的内陆地区，司法机关的办案经费更加紧张。很多基层人民检察院反映办案缺乏经费保障，有的由于经费严重不足，追捕工作无法正常开展，技术装备不能及时配备，导致一些案件不能得到及时处理，影响了检察机关的执法力度；有的检察院工资水平很低，侦查人员的工作热情和工作积极性受到一定影响{2}(P.200)。另一方面，相对于公安机关和法院来说，检察机关对财政拨款的依赖性更强。这是因为，第一，检察机关恢复重建以后，机构、人员、办公场所、装备设施重新配备，对于财政的依赖性从一开始就表现得较其他司法机关更加突出。第二，由于检察机关打击的犯罪多是由人及事，犯罪对象特殊、涉及侦查面广泛、参加办案的侦查人员较多、办案周期较长、难度大，因此，检察机关惩治腐败犯罪的司法成本较高。第三，相对于公安机关和法院而言，检察机关的经费来源完全依靠财政拨款，而没有其他途径。
针对上述问题，笔者认为，应当整合检察机关内部的侦查资源，降低成本，提高侦查的效率，统一管理和指挥，我国有必要将举报中心、反贪污贿赂局和反渎职侵权侦查局合并成一个机构，统一对腐败犯罪案件行使侦查权。其机构名称可以称为职务犯罪侦查局或者腐败犯罪侦查局。同时，为了保障该机构能够集中力量完成侦查腐败犯罪的任务，可以考虑取消目前检察机关自侦部门的预防犯罪职能，而由国家刚刚成立的预防腐败局来专门负责腐败犯罪的预防工作。
为了加强该机构的独立性和权威性，还应当考虑如下一些具体设置：第一，实行双重领导体制，即设置之后的反腐败侦查机构既受本院的直接领导，又受上级检察机关设置的反腐败侦查机构的领导。第二，在财务上实行独立的预算制度，由财政部门独立下拨经费。第三，在人事管理方面，可以考虑将反腐败侦查机构的级别提高半级，与副检察长的级别相同。第四，在办案过程中，对于一般案件，承办人员只需要向该机构负责人汇报即可，而对于大案、要案，应当向检察长汇报，对于特别重大的腐败犯罪案件，应当向检察委员会汇报。另外，为了保障该机构在侦查腐败犯罪案件中的独立性，还应当强化检察机关对外部的整体独立，避免地方党政机关对检察机关反腐败侦查工作的干预。为此，应当正确处理好党的领导、人大监督、行政机关与检察机关之间的关系。确保党委对检察工作的领导为政治领导、思想领导和组织领导，而不是具体的业务领导，或者审批案件。对于人大监督与检察机关之间的关系，目前的关键措施应当是避免人大对检察机关实行个案监督。对于行政机关与检察机关之间的关系，主要是打破地方行政机关在人、财、物等方面对地方检察机关的控制，避免检察机关的地方化，如实行独立于地方行政机关的人事任免和财务管理制度等。
三、腐败犯罪案件的侦查模式
从理论上讲，侦查活动具有两种基本的模式，即“由证到供”模式和“由供到证”模式。在由证到供模式中，侦查活动往往以实物证据为核心，侦查机关在收集实物证据以后再获取犯罪嫌疑人的供述。而在由供到证模式中，侦查活动通常以犯罪嫌疑人的供述为核心，侦查机关在获取犯罪嫌疑人的供述以后，再根据口供来收集其他证据。客观地说，两种侦查模式各有利弊。一般来说，由证到供模式有助于改变侦查活动过于依赖口供的局面，从而减少刑讯逼供等行为的发生。但是，这种模式对侦查的水平要求比较高。而由供到证模式虽然有时容易带来刑讯逼供的问题，但是，在口供属实、合法的情况下，的确有助于提高侦查的效率。根据刑事诉讼法第46条的规定，对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；没有被告人供述，证据充分确实的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。从这条规定的倾向性不难看出，侦查机关在侦查过程中应当注重口供以外的证据对证明案件事实的作用，而不能将证明案件事实的希望过多地寄托在口供上面。这显然与由证到供侦查模式的基本精神是一致的。而且，我国刑事诉讼法对刑讯逼供行为给予了明确的否定，根据第43条的规定，侦查人员必须依照法定程序，严禁刑讯逼供和以威胁、引诱、欺骗以及其他非法的方法收集证据。
