实行刑事公诉与民、行公诉并举。随着我国社会主义市场经济的发展，大量的实践证明，为了弥补行政机关、社会团体诉讼职能的缺失，保证国家与社会公共利益的最终救济，检察机关不仅应当享有刑事案件的公诉权，而且也应当享有代表国家与社会公共利益提起民事公诉与行政公诉的权力。因为，对国家利益、社会公共利益的保障是一个完整的系统，三种公诉方式调整不同的法律关系，在保护国家利益、社会利益的过程中相互补充，但无法互相替代。公诉局的机构设置，可以为民事、行政公诉的司法实践提供探索空间，反映了公诉工作全面、协调发展的趋势。这样，更能从整体上凸显公诉职能的“客观性义务”和维护法律统一正确实施的法律监督性质。
改善公诉权运行机制的具体措施主要应包括：(1)实行刑事公诉办案检察官负责制。由办案检察官自行决定起诉、退回补充侦查等。检察长不需要签发有关法律文书，但负有监控公诉检察官的执法质量和行权方向的职责。一旦公诉检察官出现违法或不当行为以及检察长认为确有必要时，可以撤销、改变公诉检察官作出的法律决定或者停止其办案职权。(2)强化刑事公诉活动的公开性、可监督性。公诉检察官在行使公诉权的过程中，对于拟作不起诉决定的案件和部分争议较大的案件，应当实行公开审查（类似听证）制度，接受外界监督，并全面掌握有关各方的观点和态度，提升公诉案件的质量和社会效果。(3)探索民事行政公益诉讼机制。民、行公益诉讼虽然目前仍有许多障碍，但民、行诉讼公诉的出现反映了公诉制度发展的必然趋势却也是不争的事实，故应作进一步的探索。(4)建立逮捕听审制度。以开庭的方式举行听审，在专门负责审查逮捕的主办检察官主持，由侦查机关、犯罪嫌疑人及其辩护律师到场参加下，就犯罪嫌疑人是否符合逮捕的条件，听取双方的陈述与辩论，然后作出是否批准逮捕的书面决定。
3．诉讼监督权运行机制的改善
诉讼监督权主要是以向违法对象提出《检察建议》、《纠正违法通知书》和提请抗诉等方式加以实施。与侦查权、公诉权、审查逮捕权所具有的刚性相比，诉讼监督权则呈现出一种柔性特征（只有抗诉具有法律约束力）。
完善诉讼监督机制主要应把握两点：一是要体现维护司法公正保障人权的基本特征。勿庸置疑，无论是刑事诉讼监督还是民事行政诉讼监督，都是属于诉讼上之司法救济程序，即当出现刑事、民事、行政诉讼活动可能造成司法不公时，应由检察机关依法提供司法救济。因此，诉讼监督的目的就是为了纠正诉讼中的司法不公现象，确保诉讼活动正确合法地进行，保障案件当事人的正当权利，防止司法腐败，维护司法公正，确保国家法律统一、正确地实施。而刑事申诉检察和民事行政申诉检察，则是通过受理公民的各类申诉和反映，发现和查处司法机关及其工作人员违法、失职导致公民人身、财产和民主权利遭受的损害，其主旨也是为了维护司法公正，尊重和保障人权。至于检察执法的内部监督则是对检察权的运行实行有效的监督和制约，以确保检察执法规范化以及办案质量和效果的优良化，其宗旨也是为了检察机关自身在诉讼活动中公正执法、保障人权。把这些具有诉讼监督共性的执法资源整合起来，形成诉讼领域各环节、各方面法律监督的系统结构，诉讼监督功能的充分发挥也就有了良好的“生态”环境。二是要解决现行机制运行中最突出的执法难题：其一是侦查监督有名无实。对此应针对现有侦监部门的实际情况，把主要精力放在监督公安机关报捕和自侦部门报捕的案件上。同时应将批捕工作从侦查监督工作中剥离出去，归入公诉执法系统，实行捕监分离，既便于集中精力做好批捕工作，又便于开展立案和侦查监督。其二是基层民事行政检察和监所检察机构力量薄弱。许多基层检察院民行科、监所科只有2人或者3人，这样使得他们处理突发事件或者疑难、复杂案件时往往显得力不从心，难以应付。但如果能将二者合而为一，就可能产生一加一大于二的效果。其三是审判监督流于形式的问题，由于现行机制使得公诉部门身兼起诉和审判监督两职，确有既当“运动员”又当“裁判员”之嫌。实践中，公诉人在履行职责时，注重的往往是起诉主张是否被法院接受，指控证据是否被法院采信，法院是否作了有罪判决，这与审判监督所要履行的职责显然相悖。因此，应当实行诉监分离，检察机关可以配备专门的诉讼监督检察官。凡是检察机关派员出庭的案件，法庭应当在设置公诉人席位的同时设置法律监督席，以突出法律监督的地位。履行法律监督职能的检察官，发现人民法院审理案件有时违反法定程序而可能影响公正审判的，有权提出纠正意见，法院对此应当作出答复等等，这样审判监督职能即可得到充分发挥。
