这种权力结构的弊端主要表现在三个方面：1．权责主体模糊或不确定。检察官、部门负责人和检察长或检察委员会之间的纵向权责配属不清，导致每个主体都是权力行使者，也都是责任承担者，其结果就是权力分散、无责可究。2．司法效益的减损。由于其成员素质参差不齐，对案件相关情况了解不一，讨论中易出现优柔寡断，议而不决或纠缠细枝末节的现象；特别是有时因领导出差或忙于处理其他事务性的工作，往往要等到时限将到才匆忙召开检委会讨论案件，从而造成了诉讼效率的低下。3．决策科学化缺失。在依靠信息判断决策是否正确的情况下，由于仅靠承办人汇报案情，而检察长及检委会定而不审，决策中枢系统所获信息呈递减状态，故在很大程度上影响和制约了决策的正确性。
（二）检察权运行程序和方式不够完善
1．职务犯罪侦查机制之纵横关系不协调。[2]在侦查机制构建中，强调的是健全侦查指挥中心，建立一体化信息平台，建立侦查人才库等对纵向指挥有利的举措。而对侦查部门与院内其他部门特别是与之联系密切的举报、职务犯罪预防部门之间的横向配合则被忽视。从而在一定程度上呈现出侦查与举报脱节及侦查与预防“两张皮”的现象。在侦查机制的运行中，重保障，轻制约，如业务考评以纵向上下一体，指挥有力，排除干扰，克敌制胜为标准；横向上以资源共享，紧密配合，求同存异，协同作战为准绳。而在对侦查权的制约上，仅限于侦查监督部门严把逮捕关，除此之外则少有其它与侦查一体化相适应的制约规范。在价值取向上，重侦查效率，轻权利保障。侦查环节的司法公正即要求侦查主体严格执行侦查规范，不能消极侦查、放纵犯罪人；也要求侦查主体不能过于“积极”侦查而不择手段，侵犯犯罪嫌疑人的合法权益甚至冤枉无辜。[3]
2．公诉环节的权力配置不够完善。其主要表现是：(1)主诉检察官制度举步维艰。目前的主诉检察官办案责任制改革是在现行法律的框架下进行的。但是，现行的《人民检察院组织法》、《检察官法》以及其他相关法律中均没有主诉检察官的规定。这就造成了法律规定不明确的主诉检察官负责制同法定的检察长负责制之间的冲突。[4](2)公诉裁量权范围过窄。公诉权包含决定起诉和不起诉、变更起诉及提出抗诉。其中决定不起诉是公诉裁量权的集中体现。但在现实中，只有相对不起诉是公诉机关在拥有公诉权的情况下，针对“犯罪情节轻微、依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚”的案件，经权衡案件的各方面，认为放弃公诉权更为适宜时所作出不起诉决定，这一状况在很大程度上制约了宽严相济刑事政策在检察环节的有效贯彻。(3)公诉与逮捕脱节。现行侦查监督与公诉分离的机制造成批捕和公诉办案人员对同一案件的重复阅卷、重复审查、重复制作笔录、重复提审、重复取证、重复复印证据材料、重复进行法律和证据的思考等，导致了司法资源的巨大浪费。同时，割裂了逮捕与起诉的内在联系，因为批捕具有很强的侦查引导作用，但引导侦查的不搞起诉，负责起诉的又无法对侦查给予指导，故而形成捕诉脱节。同时，由于侦查监督部门和公诉部门以不同的证据标准分别对公安机关的侦查取证产生影响，不仅造成公安机关侦查人员的困惑，而且会增加同一案件退回公安机关补充侦查的次数，延长了诉讼时间，并造成了案件的大量积压。[5]
