鉴于司法鉴定启动权制度仍存在诸多弊端，在研讨会上有人指出，应推进控辩平衡，在刑事诉讼的不同阶段相应的赋予当事人司法鉴定启动决定权或司法鉴定启动申请权。有专家提出了如下具体的制度方案：首先，在侦查阶段赋予当事人相应的司法鉴定启动决定权，即可由当事人（包括控辩双方）协商自行决定鉴定委托机构，并报相关机关备案，且这种权利由当事人自行行使，无需经过相关机关的批准或同意（仅需要备案）。其次，由于审判阶段鉴定的目的系补充法官认识能力之不足，同时为推进控辩平衡，因而在审判阶段是否启动鉴定程序应由法院自主决定，即在此阶段有且仅有法院具有司法鉴定启动决定权。具体来说包括以下两方面的内容：一方面，赋予辩护方以申请法院进行鉴定的权利，而不仅仅是现行法律所规定的当事人仅在对原鉴定结论不服时才有申请重新鉴定和补充鉴定的权利；另一方面，限制法院、侦查机关的相应权力。这种限制主要体现在以下两点：一是法院仅有权根据法律规定和当事人及相关机关的申请决定是否启动鉴定程序；二是只赋予侦查机关和检察机关在这一阶段申请鉴定的权力，即侦查机关和检察机关要对有关问题进行鉴定时必须向法院提出申请，经法院批准并由法院委托的鉴定人进行鉴定。多数专家认为，这样的一种制度设计既推进了控辩平衡，又使得作为审判机关的法院保持了其中立的地位，与此同时还能在一定程度上防止非理性重复鉴定情形的发生。
二、我国司法鉴定机构的设置问题{4}
我国司法鉴定体制的现状，以全国人大常委会《关于司法鉴定管理问题的决定》（该决定于2005年10月1日起施行，以下简称《决定》）的出台为界可分为前后两个不同的阶段。在《决定》出台前我国各级各类司法鉴定机构为数众多，不仅公检法三机关均拥有自己的司法鉴定机构，且还有高校和科研院所的鉴定机构以及社会司法鉴定机构。在众多的司法鉴定机构中尤以公检法机关的鉴定机构占优势。由于司法鉴定机关众多，且公检法三机关的司法鉴定机构存在明显的优势，可以说在《决定》出台之前，我国鉴定机构的设置上存在多方管理、各自为政、混乱无序的状态。一方面，公检法机关“自侦自鉴”、“自检自鉴”、“自审自鉴”的做法使鉴定结论的公正性受到质疑；另一方面，各种鉴定机构多渠道、多层次鉴定，而且重复鉴定往往造成资源浪费。
为了解决上述问题，国家开始构建统一的司法鉴定体制，并出台了《决定》。《决定》中明确规定从事法医类、物证类和声像资料类鉴定业务的鉴定人和鉴定机构实行登记管理制度，明确规定由国务院司法行政机关主管全国的司法鉴定工作，并赋予了其相应的行政管理权。《决定》中取消了法院系统和司法行政部门的司法鉴定机构，规定法院和司法行政部门不得设立鉴定机构。与此同时，《决定》保留了侦查机关的鉴定机构，但规定侦查机关根据侦查工作的需要设立的鉴定机构，不得面向社会接受委托从事司法鉴定业务。
《决定》的出台无疑使我国的司法鉴定机构的设置向前迈了一步，但我们不难看出，《决定》虽然取消了法院系统和司法行政部门的司法鉴定机构，并对侦查部门的司法鉴定机构的业务范围进行了限制，但我国司法鉴定机构仍然是种类众多、纷繁复杂——不仅包括侦查机关内部设立的鉴定机构，还包括司法行政部门管理的大量的社会鉴定机构，以及未纳入司法行政部门管理的由其他各部门设立的行业鉴定机构。与此同时，《决定》对侦查机关内部的鉴定部门的保留，使自侦自检的情况依然延续，容易导致鉴定人员为迎合办案的需要而在鉴定过程中注重收集有罪、罪重的证据，而忽略无罪、罪轻的证据，从而使鉴定结论有所偏颇。因此，我国司法鉴定机构的设置体制仍需改革。
从已建立的司法鉴定机构及其运转方式来看，我国目前司法鉴定机构的设置仍然有如下不如意的地方：
一是鉴定机构多但分布不合理。近年来，大量社会鉴定机构应市场需要而产生，而这些社会鉴定机构在经济发达地区的数量远远高于经济欠发达地区。这种分布的不合理，体现了国家宏观调控和规划的种种不足。
二是鉴定机构运行机制尚未理顺。虽然《决定》规定对三类社会鉴定机构实行登记管理制度，但并未解决未纳入管理的社会鉴定机构的管理问题，也未对侦查机关内部设立的鉴定机构、司法行政部门管理的鉴定机构、其他各部门设立的鉴定机构三者之间的关系作出明确的规定。各个鉴定机构之间受理鉴定的范围不明，鉴定机构权责不清，市场化和公益性往往冲突，鉴定结论把关不严，各鉴定机构的公信力不高。
三是鉴定机构的设置具有浓厚的行政色彩。在鉴定机构设置上，大多采用行政管理模式，即“下级”鉴定机构主动向“上级”鉴定机构请示汇报，“上级”鉴定机构主动定期、不定期到“下级”鉴定机构检查指导工作，鉴定活动失去了应有的独立性和中立性。鉴定活动的行政色彩，经常使原本属于正常的鉴定活动演化成为部门利益之争，不同行政级别的司法鉴定机构往往以不同的鉴定结论意见进行“对抗”。
可见，目前我国司法鉴定机构在设置上仍不够科学，且由于设置不科学这一问题，衍生出了一系列的不良现象，因而对司法鉴定机构设置的体制进行修改是势在必行的。这在学界也引起了广泛的讨论，就目前而言，对于司法鉴定机构设置的体制，理论界众说纷纭，主要有“一元说”、“多元说”、“一元多极说”、“一元为主、多元结合、专门辅助说”，这些学说均有突出的优点，但同时也存在一定的弊端，可以说，如何建立符合我国国情的司法鉴定机构设置方案，仍是我们应进行长足探讨的一个重大课题。
