通过这些程序上的改革，可以发现较之于被告人只能被动地期望官方体制的公正性来保障自身权利的传统做法，在改革后的体制下被告人在科学证据的问题上有了自主的发言权，其参与性得以显著提升。在鉴定启动权问题上，法官不能仅仅是拒绝当事人的鉴定申请，而必须说明理由；在鉴定的具体内容上，被告人可以在提出自己的意见，并且通过自己聘请的技术顾问参与到具体的鉴定过程中；在对鉴定结论的审查过程中，凭借技术顾问的协助被告人也可以对官方的鉴定结论提出质疑。这就在一定程度上打破了原有体制的单一性和封闭性，但被告人参与性的提升则却使得裁判结论的正当性得以大大增强。
相较于大陆法系鉴定体制的单一性和封闭性，英美法系的鉴定体制植根于当事人主义的对抗制传统，控辩双方的积极对抗被视为发现案件真实的最佳手段，呈现出明显的双向性和开放性。所谓双向性和开放性是指，控辩双方可以平等、自主地决定需要对诉讼当中的何种事项启动鉴定程序，自由地从各行各业选择专家证人为其提供有利的专家证言；裁判者对专家证人的采信则相对消极，主要依靠控辩双方对对方专家证人出庭时的交叉询问来审查科学证据。对抗制下的专家证人制度也并非完善，其最大弊端之一乃是“对抗”所引发的专家证人的商业化倾向。由于英美法系并未象大陆法系一样建立统一的鉴定行业体制，来自于各行各业且没有严格任职资格条件限制的专家证人基于商业上的雇佣关系参与到诉讼当中。而当事人雇佣专家的基本动机在于希望专家能提供对自己有利的证言，因此，一个专家越是中立、客观，他被聘用的可能性就越低。这种当事人与专家证人之间清晰明了的雇佣关系使得专家证人为了赢得更多的聘用机会（或者说获得更大的金钱收益）而放弃了自己作为专家应有的中立地位，大量低质量的甚至是“伪科学”的科学证据源源不断进入法庭，这种商业化的倾向就连美国学者也给予尖锐的讽刺，“美国的专家证人就像律师手中的萨克斯管，律师想吹出什么调就能吹出什么调”[15]；另一方面，交叉询问制度虽然增强了当事人的参与性，在很多事实争议问题上的确如英美学者所相信的那样是“发现真相最伟大的装置”，但对于科学证据，其效果并不明显。由于裁判者缺乏相关的专业知识，专家之家激烈的论辩并不一定就能使裁判者对争议问题获得清晰的认识，而辩护律师的询问技巧与策略则加剧了裁判者正确评估科学证据的难度，“最有才干的科学家可能使得律师提出的棘手的问题看上去很愚蠢，而虚张声势的傻瓜和令人愉快的法庭态度在门外汉看来却是科学天才”[16]。
有鉴于此，英美法系近年来对传统专家证人制度进行了诸多的改革，其焦点集中于两个方面：第一，强调专家证人的中立性，从源头上保障科学证据的质量；第二，加强了法官对程序的控制，防止当事人之间的“过度对抗”将司法裁判转变成“竞技场”。在民事诉讼中，1999年4月26日起实行的英国《民事诉讼规则》集中体现了这种改革思路。该规则通过赋予专家证人对法院的优先职责；创设共同专家证人制度；强调专家证人之间的协作；强化法官限制专家证据使用的权利；专家证言的书面化等方面的措施，对民事案件中专家证据的可采性作了全面的限制，实际上废除了普通法当事人提出他们认为对自己有利的专家证据的权利[17]。在刑事司法领域，改革的呼声也从未停止。“美国在1975年所制定的联邦证据法中便设定了旨在谋求鉴定人中立化的条款，原参与该项立法的顾问委员曾指出：一部分鉴定人的腐败以及由此而引起的优秀的专家不愿充当鉴定人的情况已发展成具有严重危害性的问题”[18]；还有不少学者将眼光投向了大陆法系，主张为保障科学证据的质量，应借鉴大陆法系严格的鉴定人资格认证制度，通过行业协会等组织来保障专家的中立性。比如，波斯纳就主张专家证人必须具备职业协会的会员资格，职业协会应保持记载其成员所有表现的专家名录并促使职业协会监督其成员，在涉足作证的过程中遵守高标准的诚实与注意（probityandcare）。为了解决当事人几乎不受限制地提出科学证据使得裁判者不得不面对诸多相互矛盾且难以正确评估的科学证据的突出问题，很多学者主张充分利用《联邦证据规则》第706条的规定，法庭通过任命自己的专家来帮助法官正确的评估科学证据，避免其在这一问题上完全受制于当事人双方充满偏向性的专家证言[19]。
