3.相关主体讯问被告人的顺序混乱。就案件的刑事部分而言，讯问被告人的主体有四方，法官、控辩双方与被害人。法律除了明确规定公诉人首先讯问被告人外，对于其他主体尤其是法官何时讯问被告人并没有明确的规定。最高法院司法解释规定，“审判人员认为有必要时”，可以随时向被告人发问，这意味着法官的讯问权非常具有灵活性，他在公诉人讯问后就可以随时插问，也可以在其他方讯问完毕后再进行讯问。法官讯问的灵活性固然能够澄清法官的心证，但同时因各方讯问被告人的顺序、次数没有规定，完全委任法官自由裁量，势必损害相关讯问主体的权利，也易引起各方权益冲突。
4.缺少相关的讯问程序与规则。如控辩双方能否对被告人实行再讯问?控辩双方讯问的范围、内容有否限制?讯问中能否引入被告人的其他有罪证据、审判前供述、品格证据、先前定罪记录?如果引入，如何处理调查被告人程序与其他程序之间的关系?能否进行诱导性讯问?实践中，在讯问方式上，不当讯问较多，缺乏有效的制约机制，尤其集中在诱导性问题和复合性问题，而法官一般也不加制止。甚至法官在讯问被告人时也带着有罪推定倾向。
5.公诉人与辩方律师讯问被告人时不具有对等权。在我国刑事庭审中，对被告人的讯问惟有控方无须获得法官的许可，而辩护律师若要讯问，则必须经审判长准许，这也暗示把被告人作为控方证据来源的重要倾向，这与英美法系辩方律师或者大陆法系法官首度讯问被告人大相径庭。本来，我国96年诉讼法修改之前，对被告人的讯问是由法官开始并主导的，而改革的理由在于，立法者认为由法官首先审问被告人存在这些问题：讯问工作主要由审判人员进行，不利于审判人员居中听取双方意见，从而造成代替公诉人揭露、证实犯罪的职责，存在对案件包揽过多的问题；同时，不能充分发挥控辩双方的作用。[30]参与法案起草的学者认为：“在讯问被告人方式上的改革，主要是为了避免审判人员与被告人在庭审中的直接对抗。改由以公诉人和辩护人为主讯问被告人的做法，使审判人员处于比较超脱的地位，从而有利于审判人员客观地对待和判断被告人的供述，准确地查明案件事实真相。”[31]
或许更重要的理由是中国现阶段实行所谓的起诉复印件主义，法官对案情了解不够，倘若他主导被告人的讯问，很难提出有针对性的问题，亦不易评价其陈述真实与否，所以与其自己讯问，不如把权力交于检察官，然后自己进行补充讯问。而控方讯问被告人，由于了解案情信息，发问能够有的放矢，并对法官的心证产生积极影响。但是在中国，刑事被告人由检察官首先讯问，而且必须如实回答问题，必然导致如此结局：由于公诉人讯问被告人承袭了原来审判人员讯问被告人的强制性，但削弱了被告人作出回答的证据基础，被告人在改革后的庭审过程中的地位不但没有得到提高，反而被进一步“客体化”了。因此，从被告人的角度来看，与其按照现行法的规定接受公诉人的首先讯问，还不如按照1979年刑事诉讼法的规定接受审判人员的首先讯问。[32]
(三)我国刑事庭审讯问被告人方法的变革
