加强检察机关内部对撤回起诉的监督制约，有利于充分发挥检察长、检察委员会对案件质量的监控把关作用，防止案件承办人、主诉检察官等个人对撤诉权的随意滥用，同时也有利于进一步提高公诉办案质量，切实保障刑事诉讼中被告人和被害人的合法权益。因此，检察机关应进一步完善相关制约机制。
首先，严格内部审核把关制度。应当严格依照《规则》第353条的规定，撤回起诉由检察长或检察委员会决定。公诉人如果在法庭开庭审理期间发现应当撤回起诉的，应先建议法庭休庭，并记明笔录，再向检察长汇报，由检察长或检察委员会决定撤回起诉与否。案件承办人、主诉检察官、公诉部门主管领导和分管检察长都无权自行作出决定。
其次，完善备案制度。实践中，公诉案件审结后，检察机关要将起诉书、不起诉决定书等法律文书报上级检察院备案审查，但对撤回起诉没有类似的规定。笔者认为，对撤回起诉案件进行备案，有利于上级检察机关对下级检察机关撤回起诉的监督和制约，因此撤回起诉案件的相关材料应报上级检察机关备案。上海市检察机关多年来一直坚持撤回起诉的备案制度，这对撤回起诉工作的开展具有一定的积极意义。但在该制度的执行中也存在一些问题，如少数案件缺漏、上报材料不全等。因而，有必要对该项制度进一步加以完善，严格相关的报送期限、程序、材料内容等要求。同时，上级机关应对备案的撤回起诉案件进行认真的审查，一旦发现撤回起诉决定确有错误的，应当予以撤销或指令下级检察机关纠正。
第三，建立检察机关重大案件撤回起诉事先报批制度。社会影响较大、犯罪情节严重以及职务犯罪等重大犯罪案件和有被害人的犯罪案件撤回起诉，一般应事先得到上一级人民检察机关的准许。因为，检察机关撤回起诉后，还可能作出不起诉决定。公安机关认为不起诉的决定有错误的时候，可以要求复议、复核；被害人不服不起诉决定的，可以向上一级检察机关申诉；上一级检察机关认为不起诉决定错误的，可以撤销不起诉决定。司法实践中就有可能出现以下几种情况：复议意见没有被同级检察机关接受，但上一级检察机关却接受了公安机关的复核意见，但此前，法院已作出了准许撤回起诉的裁定。提起公诉的检察机关执行上级检察机关决定要重新提起公诉，而法院按照最高人民法院的司法解释，如果没有新的事实、证据，法院将不予受理，这可能使提起公诉的检察机关处于无所适从的境地。所以，部分撤回起诉案件应当事先经过上级检察机关批准。
（二）加强人民法院的司法审查职能
撤回起诉作为一项请求权，应当由拥有诉权的公诉机关提出，由中立的审判机关审查裁定。为了保证撤回起诉权的正确行使，除了检察机关内部监督制约机制的完善，还离不开法院司法审查职能的加强。因为检察机关的撤回起诉可能存在着与被告人或被害人的利益冲突，法院对被告人、被害人是否同意检察机关撤诉的审查具有重要意义。[10]为此，一方面要完善审查审批制度，如合议庭合议制、三级审批制、审判委员会讨论决定制等，这些制度不仅能发挥集体的智慧对请求撤回起诉案件作出正确合理的评判，而且也能预防法官个人对撤诉审查权的滥用；另一方面应强化审查的开放性，检察机关在撤回起诉前听取被告人、被害人、辩护人、委托代理人和其他诉讼参与人的意见的基础上，为避免损害当事人的权益，出现复杂的诉讼情况，法院的审查一般也应公开进行，赋予被告人和被害人对撤回起诉提出异议的权利，既不能因当事人有异议就不准予撤回起诉，也不能仅因公诉机关提出就一概准许撤回起诉。
