（三）撤回起诉的适用危机
源于立法的缺失、司法解释的不全面和不具体，全国各地司法机关对撤回起诉的时间、理由、方式、程序、限制、效力等问题，缺乏统一的规范，撤回起诉的适用逐步暴露出一些问题，影响了刑事司法的严肃性。主要体现在以下三个方面：
1．撤回起诉的适用条件规定不全面。根据“两高”的司法解释，撤回起诉的适用条件包括发现不存在犯罪事实、发现犯罪事实并非被告人所为、发现不应当追究被告人刑事责任三个方面。’这一笼统、不具体的规定在司法实践中产生了一定的问题。首先，在检察机关的《撤回起诉决定书》中，其撤回起诉理由一栏统一为“事实、证据有变化”，没有对案件的实际情形列明详细的撤诉理由，这一方面给法院的实体审查带来困难，另一方面也容易造成司法机关暗箱操作，损害司法公正。其次，在实践中，具体个案的撤诉理由不尽相同，有的不属于撤回起诉的法定适用情形。以上海市2008年、2009年检察机关公诉部门撤回起诉情况为例，撤诉的具体原因有案件证据不足、指控证据发生变化、法律政策发生变化、检法对证据采信和法律适用存在认识分歧、被告人受审能力发生变化等。显然，检法对证据采信和法律适用存在认识分歧等不属于法定的撤回起诉适用条件，但在实践中通常还是以该方式处理。
2．撤回起诉的程序不完善。从司法实践来看，《解释》和《规则》对提起撤回起诉请求的程序性要件规定还存在不尽完善合理之处，主要体现在：检察院提起撤诉的时限过宽，《解释》和《规则》均明确规定，在法院宣告判决前，检察院可以提出撤诉，但“作出判决”与“宣告判决”是两个不同的时间段，这一规定显然是不合理的，因为从法庭审理结束到宣告判决之间往往有相当一段时间，在这期间内，检察院仍可撤回起诉，这将使之前的程序归于无效；对撤回起诉的次数缺乏明确的规定，这使得多次起诉、多次撤诉的案例屡见不鲜，导致司法资源的重复耗费和对被告人权利的损害；撤回起诉后的救济程序不健全，由于“两高”的司法解释并没有对此作出相关的规定，实践中被告人和被害人的权益在撤诉后得不到应有的保障。
3．对撤回起诉的制约不力。撤回起诉意味着公诉方对追诉行为的自我否定，意味着国家对被告人追诉活动的终止。[4]依照《规则》第353条的规定，撤回起诉应当报经检察长或检察委员会决定同意后才能进行。然而在实践中，这一规定并没有得到很好的贯彻落实，撤回起诉通常是由本院的分管检察长审批决定的，极少数甚至是主诉检察官自行决定的，检察机关内部对撤回起诉的监督较为薄弱。而法院为了追求结案率，同时也考虑检、法两家的关系，对检察机关的撤诉请求往往不认真审查，一律准许撤诉。[5]因而，实践中对撤回起诉权行使的监督制约力度还不够大，相关监督机制还相对匮乏。这也导致滥用撤回起诉权的现象十分普遍，如检察机关为了避免法院作出无罪判决，也为了防止承担国家赔偿责任和检察官承担错案追究责任，会尽力促使法院作出有罪判决，而在无法达到这一目的的情况下，为了追求起诉的准确率，检察机关会选择撤回起诉，再对被告人作不起诉决定或建议侦查机关撤案，这种做法实际上严重损害了被告人的合法权益，很难真正达到司法救济的效果。
