2．起诉法定主义不利于对罪犯人格的矫治。按照教育改造的目的刑理论，对罪犯应当矫治其犯罪人格，消除其再犯可能。但是，在起诉法定主义的支配下，有罪者必须被指控、审判。也许有人会认为审判本身也是教育，但这并没有看到审判的全部后果。在审判中，身着囚服，手带镣铐，接受各方讯问，等待质证和宣判，显然更具有羞辱的意味。而在等待起诉、审判的过程中，以及其后短期自由刑的关押中，罪犯往往与大量类似人群一同被关押。依犯罪学理论，罪犯的人格是有病的。不同的是，有些是“轻微感冒”或“胃病”、有些是“癌症”或“艾滋病”。人体在生病的时候，免疫力本已下降，而让一大群生病的人在一起，终日呼吸病毒，难道我们还能期望病人百毒不侵吗？另外，行为人一旦被贴上罪犯的标签，基于其人格认知，罪犯往往也会不自觉地将自己归为罪犯或被社会否定的人群，其可能永远站在社会对立面而不能融入主流价值。正因此，在英国，“警告这种分流方法依然备受青睐，因为它不起诉从而更节省资源，而且因为它能避免犯罪者被烙上耻辱的痕迹。”[5]
3．起诉法定主义可能给罪犯带来不可挽回的损失。人生的际遇和青春均是有限的。比如学习的机会，社会把人们学习文化知识、获得职业技能的时间基本划定为人之生命的前二十多年，且这个过程又是循序渐进、各阶段互相依赖的。而择偶、选择职业以及维系家庭等机会，一般都只发生在人的生命中的特定阶段，一旦错过，即将永远无法获得正常人的人生，或者更有意义的人生。假如人在某一关键阶段恰好成了罪犯，被剥夺了自由，那么他所失去的远不只是自由—有可能是终身的机会。其实并非所有罪犯都是绝对地反社会、不可救药的，相反，有些罪犯在生活中可能常常是得到社会正面评价的，或者虽为浪子，却尚未病入膏育，而只在肌肤感染，其犯罪行为可能只是因特定情境造成。这时允许其以最小的代价，获得改过自新的机会，未尝不是一种合理的选择。正如日本刑事诉讼法248条规定的：“根据犯罪人的性格、年龄、境遇和犯罪的轻重、情节以及犯罪后的情况，认为没有必要提起公诉时，可以不提起公诉。”这正是起诉便宜主义的体现。
4．起诉法定主义耗费有限的司法资源
对罪犯的指控、审判是要花费大量人力、物力的。假如司法投入果真能产生相当的社会效益，那么我们的投入即是值得的。而如果司法审判的产出小于投人、或者为零，甚至为负值，那么这种投人显然是不应该的。比如，可诉可不诉的轻微案件，公诉时还可能导致交叉感染，并耽误罪犯的最佳人生际遇，则可以认为公诉是负产出。目前，一方面是犯罪率激增，另一方面是轻微刑事案件占用了大量司法资源。据统计，2007年度，广西某市检察机关提起公诉涉及2278人。被判决有罪但免于刑事处罚的55人，占提起公诉案件的2.4%；判处三年以下有期徒刑1075人，占47.2%；管制13人，占0.6%；拘役349人，占15.3%。假如将被免除刑罚和被判处管制、拘役、三年以下有期徒刑者相加，则为65.5%，这一比例与法治发达国家的不诉率颇为接近，而这些案件却耗费了我国超过一半的司法资源。
