反观历史和现实，犯罪控制一直是我国刑事活动的主流话语。频繁发动的所谓“严打”，种种形式的“重点打击xx犯罪”，无不散发着浓郁的工具理性气息。杀一儆百的表象显露的是“以人为手段”的本质，与以人为本的科学发展观格格不入。这种犯罪控制的理念集中体现在1979年的刑诉法中，致使我国的刑诉模式被学者称为“超职权主义”。即便如此，1983年“严打”时仍嫌它碍手碍脚，公检法三机关干脆“联合办公”，许多案件律师辩护准备时间压缩到只有3天。刑事活动完全异化为“治罪活动”。1996年刑诉法修改时，有了明显进步，但是仍不彻底，例如，虽然初步规定了无罪推定原则，但是嫌疑人仍然要“如实供述”，“不讲真实姓名和住址的身份不明者”可以被无限期羁押。究其原因，还是立法者、执法者的观念在人权保障和犯罪控制之间摇摆不定。以人为本的科学发展观的问世，将彻底改变“以人为手段”的思路，推动刑事诉讼范式的转变，从犯罪控制型走向人权保障型。
从方法论角度看，全面发展要求价值理性与工具理性的和谐共处，为克制“重实体、轻程序”的程序工具主义思想提供了有力武器。西方社会出现的精神危机、道德沦丧、拜金主义、环境污染等所谓“现代性问题”无不与工具理性泛滥、价值理性萎缩有关。韦伯颇有预见地将理性区分为工具理性与价值理性，指出在资本主义发展中，工具理性占据支配地位，会导致以手段支配目的，以形式合理性（即工具理性）支配实质合理性（即价值理性），进而导致“意义的丧失”和“自由的丧失”。[4]我国前些年的经济、社会建设同样也存在工具理性泛滥的倾向，片面强调GDP，忽视社会治理、文化建设、环境保护、资源节约，也出现了一定程度的西方国家那种“意义与自由丧失”、“系统对生活世界的殖民”等现代性问题。在刑事司法领域，工具理性的直接代表是程序工具主义思想。程序工具主义视程序为发现事实真相、打击犯罪的手段，一旦程序对这些目的形成障碍，程序往往就被弃置一边。所以，“工具主义的绝对化必然导致程序虚无主义的盛行”。[5]意义与自由，也就随之消失。
“全面、持续、可协调的发展”在逻辑上涵盖了防止工具理性的片面扩张，注重价值理性的协调发展的内容，而“以人为本”更是明确了价值理性的价值所在。因此，科学发展观启示我们应该以价值理性为主导，彻底破除工具理性之弊，彰显刑事程序的独立价值，实现保障人权的根本目的。刑事诉讼程序的独立价值在于“刑事审判程序不仅仅是用以实现实体法的工具、手段或形式，它本身也是目的：它具有一种独立于程序结果的内在价值。”[6]具体表现为限制恣意，保证理性的选择，作茧自缚和反思性整合等作用。[7]离开了诉讼程序建构的“隔音空间”，各种外力的渗透乃至入侵将无法避免，纠纷的解决必然由话语商谈、言词辩论转为双方实力的对决，正义将无法产出，法治秩序难以型构，人权也只能落空。因此，张扬刑事程序的独立价值，破除程序工具主义是科学发展观在刑事司法领域的生动体现和实践要求。
但是，在我国传统刑事司法领域，工具理性十分流行。其一，犯罪人甚至嫌疑人被当作预防犯罪的工具、手段，通过“从重从快”的惩治、打击以警示、遏阻所谓“不稳分子”。其二，嫌疑人、被告被当作“破案”的工具。通过加大讯问力度、完善讯问技巧获取证据历来是刑侦工作的不二法门，以人找证据的路径依赖明显。其三，诉讼程序成为查明真相、打击犯罪的工具。诉讼活动过程被片面地理解为认识过程，查明“真相”是诉讼的首要任务，价值理性下意识中被忽略，公开、平等、自由等价值经常为“真相”让路；诉讼活动结果片面服务于“犯罪控制”的目的，刑事诉讼沦为打击犯罪的工具。疑罪从无、禁止不利益变更、一事不再理等基本原则几乎没有容身之所。即使在人们已经认识到程序的“独立价值”的重要性的今天，工具理性依然是主流话语。正因如此，刑讯逼供、普遍羁押、超期羁押等司法痼疾总是难以治愈。现在，科学发展观强调价值理性的理论进路为治疗这些顽症开出了一剂良方。只有价值理性受到充分重视，嫌疑人、被告才会真正成为诉讼的主体，诉讼程序才真正具有独立性而获得尊重。
二、功能与结构
以保障人权为根本目的是以人为本的理念在刑事诉讼制度中的话语实现。但是，人权保障如何实现？程序正义又如何表现？这些功能的实现离不开具体的结构。功能是指由事物内在本质决定的一个事物所具有的特殊作用。[8]功能总是意味着对某种需要的满足。[9]美国著名社会学家默顿认为“功能与结构密切相关，结构影响功能，功能影响结构”。[10]刑事诉讼程序的主要功能在于防止恣意、约束国家权力以实现保障人权的目的。这一功能的实现自然需要相应的诉讼结构作支撑。刑事诉讼结构又称为刑事诉讼构造，是指由一定的诉讼目的所决定的，并由主要诉讼程序和证据规则中的诉讼基本方式所体现的控诉、辩护、裁判三方的法律地位和相互关系。[11]刑事诉讼结构有动态与静态两个维度。动态结构叙述诉讼不同阶段之间以及相互作用的权力之间的关系，有审判中心主义和侦查中心主义的分野。静态结构以诉讼的某一具体阶段（典型的是审判阶段）为剖面，叙述控、辩、审各方的相互关系，其理想状态为控辩平等、控审分离和审判中立的等腰三角形形态。要满足人权保障的功能，体现程序正义的价值，必须坚持审判中心主义和等腰三角形的诉讼结构。具体来说：
