3．区域政府与地方政府之间的关系
如果区域政府是紧密式的合作，因为区域政府代表整个区域居民的利益，是区域立法的立法者和执法者，地方政府将特别事项治理权让渡给区域政府之后，区域政府与地方政府之间就该事项在区域立法调整下产生了权利义务关系，如区域政府享有和承担监督各地方政府的权力与责任。因此，区域政府立法主要调整区域政府与地方政府之间的关系。合作的一方政府违反区域协定的规则，区域政府可以向法院提起诉讼。
4．区域政府与区域居民的关系
如果区域政府是紧密式的合作，因为区域政府代表整个区域居民的利益，是区域立法的立法者和执法者，区域政府立法还调整区域政府与区域居民之间的关系。区域政府对区域居民有监督权，区域居民如果违反区域政府立法，区域政府可以直接对区域居民的违法行为进行调查、提起诉讼等。
（二）区域政府立法的主体
区域政府立法的主体是利益相关的个体，即区域内各政府。区域政府立法是地方政府间相互博弈的产物，体现了参与者的一致同意；将规则以文字的形式规定下来，具有较强的制度性。[30]目前我国地方政府的合作已取得了初步成效，但尚处于探索阶段。地方政府之间一般是通过地方政府及相关职能部门就某一方面的事项，通过协调后签订协议来组织。如对一些行业跨省／区联合进行协调；对资金的相互融通或拆借进行协调；对一些跨省／区的基础设施建设或河流湖泊整治工程进行协调等等。我们认为，根据区域政府的合作方式是松散式还是紧密式，可以选择的区域立法主体有两种模式：一是建立区域统一的立法机构；二是建立区域政府发展协调机构。
1．建立区域统一的立法机构
紧密式的合作，应当建立区域统一的立法机构。例如，为了保证经济一体化的顺利进行，欧盟就有自己独立的立法机构。欧盟的所有活动都经过法制程序，每一项法律、法规都是由欧盟委员会提出动议，经过理事会决议而产生的，具有规范性和权威性。这些法律、法规能直接适用于成员国及其国民，具有很高的独立性。它通过欧洲法院判决所有与共同体事务有关的案件，对各国有强制执行权，并负责解释欧盟法，审查欧盟成员国的二级立法，以保证其符合欧盟的一级立法。
中国可以成立区域政府的立法机构，直接就其范围内的事项进行立法，区域政府内的各个行政政府必须执行。立法机构同时也应当是决策机构。曾有学者建议由中央政府有关职能部门及长三角区域各地按等额选举代表，组成“长三角区域经济发展协调委员会”，负责全面统筹整个区域经济活动的重大事项决策，并负责对整个区域经济发展提出总体纲要和规划。[31]
2．建立区域政府发展协调机构
松散式的合作可以选择的办法是建立区域协调机构，由协调机构提出立法建议，然后由合作各方签字生效。每一项重大建议均需经过所有合作方的同意，以确保权力的共享。从制度理论的角度来说，区域合作规则是利益相关的个体即区域内各政府，在一个有限的“囚徒困境”博弈中产生的一种合作均衡，它必须是以一致同意为前提。这种规则虽然产生于经验，但在一个群体内以正规的方式发挥作用并被强制执行。[32]
没有明确的协议或制度，就很难保证地方政府在追求地方利益的同时，不会对共同利益产生消极影响。但是，值得注意的是，这样一种框架性制度结构，必须建立在相关地区自愿合作的基础之上，而且是针对各地方的明确的约束性机制。这种机构应该有明确的职能和权限，并且所作出的决策可以以立法的形式，对各级地方政府的行为构成有效约束。[33]
发达国家在区域政府的合作上积累了丰富的经验。例如，欧盟九国针对莱茵河流域治理形成了一套丰富而又实用的流域治理模式。其主要内容是：第一，成立了“莱茵河保护国际委员会”（IKSR）；第二，签署了具有法律效力和制度约束力的《伯尔尼公约》；第三，IKSR还设有由政府间组织（如河流委员会、航运委员会等）和非政府组织（如自然保护和环境保护组织、饮用水公司、化工企业、食品企业等）组成的观察员小组，监督各国工作计划的实施；第四，签署了一系列流域水环境管理协议；第五，规划实施了莱茵河流域可持续发展20年计划等。
四、区域政府的执法和司法
（一）区域政府的执法机构及其权力
1．建立跨行政区的区域执行机构
目前我国的区域合作大多采取合作各方为执行人的办法，效果很不好，原因在于：地方执法部门的人事权、财权以及执法权受到地方政府的控制，使得地方执法部门在执法过程中得看地方政府的“脸色”行事。如果成立“超地方政府的执法机构”，机构的人员由区域政府指派，经费、人事不受地方制约，则有助于发现和处理违规问题。
区域政府采取紧密式合作方式的，应当建立统一的跨行政区的区域执法机构。区域政府的法规和决策是需要执行的，由于区域政府是建立在跨行政区的基础上，为了执行区域政府的法规和决策，应当成立区域政府自己的执法机构，保证所制定的具有约束力的共同政策和制度规范得以实现。有统一的跨行政区的区域执行机构，就可以使区域合作进入到真正的实质性阶段。
2．区域政府执法机构的权力
