非法证据的证明责任不同于案件本身事实的证明责任。根据无罪推定的原理，证明有罪和无罪的责任由控诉方负担。非法证据是案件处理过程中的程序问题。如果被告人提出证据材料系非法取得的，应当说明“涉嫌非法取证的人员、时间、地点、方式、内容等相关线索或者提供证明。”这种情况下，公诉方应当针对被告人所提供的信息或证明进行反驳，证明被告人所说的情况不存在或者不合理。
在《规定》颁布之前，犯罪嫌疑人或被告人提出遭受刑讯逼供时，证明责任并没有明确规定。刑事司法实践中，有些地方是由侦查机关出具说明，证明没有刑讯逼供的行为。这种做法并不可取，事实上起不到排除非法证据的作用。
法庭对被告人审判前供述取得的合法性有疑问的，《规定》列举了各种证明方式，包括：“公诉人应当向法庭提供讯问笔录、原始的讯问过程录音录像或者其他证据。”笔者在考察过程中旁听了一起有关非法证据排除案件的庭审。被告人声称在讯问时受到了刑讯逼供，出庭的侦查人员坚决否认有刑讯逼供行为。被告人及其辩护律师要求控诉方向法庭提供录像，但侦查人员声称不知道讯问时是否有录像，法庭也没有要求公诉人提供相关录像。这种情况表明，控诉方没有尽到非法证据的证明职责。
目前，检察院系统在职务犯罪案件讯问时已经规定必须有同步录音录像，讯问时录音录像不仅有利于查清事实，也有利于保护侦查机关及其人员免遭不当的指责。讯问时全程录音录像应当在各种讯问场合得到全面实施。例如，目前并没有规定在看守所的讯问室中安装录音录像设备。因此，笔者建议；在《看守所条例》中加入以下内容：“看守所对于提讯和会见被羁押人进行全程电子监控。监控图像中应当标明讯问和会见，的地点、起止的时间。监控中应当显示参与讯问和会见时在场人员的面部和身体活动。讯问和会见时监控应当不间断地进行。其中如遇电力或设备障碍，看守所应当及时告知讯问和会见人员，并可以建议停止讯问和会见。如果因案情需要不能停止讯问和会见，在重新监控开始时，讯问人员应当首先说明间断期间的情况。看守所的监控人员可以看到视频影像，但不能听到讯问和会见内容。”
为了加强检察院的监督，笔者认为：讯问时的监控视频应当连接到驻所检察官办公室，以便对讯问和会见活动的合法性进行监督。电子监控的音频和视频资料应当保存到案件结束或更长时间。
