在应急行政行为的司法审查中适用排除合理怀疑证明标准的主要是负担性行政行为。负担性行政行为的处分结果使相对人原来具有的权利从无到有发生变化或应当具有的权利不发生，它是对相对人权利的损减行为，它的作出要有充足的理由，因此，在司法审查中，行政主体要证明该行为合法，要达到较严格的证明标准。具体来说，这一证明标准适用的案件包括：(1)限制、剥夺人身自由权的行政案件。非法限制、剥夺公民的人身自由权，不仅会损害行政相对人的名誉，给其生产、生活造成难以弥补的损失，而且会严重地损害人民政府的威信。人身自由权的严重性要求行政主体在作出处罚决定时，必须遵循严格的证明标准。因此，在限制人身自由的行政案件中，法官应当适用排除合理怀疑的证明标准。(2)行政处罚、行政征收等行政案件。由于该行政行为具有强制性、无偿性的特点，对行政相对人财产权益的影响较之于其他行政行为来得重大，所以对此种证据应设定严格的证明标准。即案件的性质越严重，对当事人的权益和公共利益的影响就越大，适用的程序就应当越严格。(3）其他涉及对行政相对人人身或者财产权益有重大影响的行政案件。总之，此类案件不仅对行政相对人的人身或者财产权益有影响，而且要求是“重大影响”。
另一方面，出于控制突发事件的客观需要，应急行政行为特别追求效率，讲求迅捷，因而采用单一的严格证明标准可能使行政主体过分谨慎地行使应急职权，导致行政效率低下，不利于行政目标的实现。出于应急行政的现实需要，有必要根据应急行政行为的不同种类及各自所涉权益大小、所适用程序的繁简程度来确定多元化的应急行政行为司法审查证明标准。具体说来，应急行政行为司法审查证明标准应以排除合理怀疑证明标准为主，兼采优势证明标准。
所谓优势证明标准，是指一方当事人证据的证明力及其证明的案件事实比另一方当事人提供的证据证明的事实更具有可能性，相应的诉讼主张成立的理由更为充分。对行政机关来说，只要其据以作出行政行为的证据达到占优势的盖然性，就可证明当时作出的行政行为是合法的。
在应急行政行为的司法审查中适用优势证明标准的主要是授益性行政行为。这一行为关系到相对人的某项权利是否成立，相对人诉讼成功后是获得一定的权益而不是解除某种强制性的负担，这类似民事诉讼中的情形，所以可以采用占优势的盖然性标准。具体来说，这一证明标准的适用案件包括：(1)行政机关适用简易程序作出应急具体行政行为的案件。简易程序是行政机关当场作出处理的程序，一方面，简易程序的手续简便，速度快，行政执法人员在案件发生的当时即做出处理决定，故要求行政执法人员在短短的时间内做到案件事实清楚、证据确实充分，不切合实际。另一方面，适用简易程序的行政案件情节简单、争议不大，没有必要提出如此严格的证明要求。占优势的盖然性标准与简易程序的适用范围和程序本身相适应。(2)起诉被告不作为的案件。当原告提出相关证据时，被诉行政机关应当提供相应的反驳证据，法院对这些事实的认定应该是优势证明标准。(3）行政赔偿诉讼案件。原告对被诉具体行政行为造成的损害事实负有证明责任，因此，在这种案件中，应当采用优势证明标准，其理论根据是行政赔偿诉讼程序与民事诉讼程序在性质上基本相同，故应采用与民事诉讼基本相同的证明标准。
