在政府信息公开案件中，可能会存在以下三种案件类型：一是纯正不作为案件，包括起诉行政机关应当主动公开政府信息而未公布的，申请人申请公开政府信息，行政机关不答复或者不予理睬的。二是起诉行政机关拒绝行为。行政机关对于申请人的申请，认为不属于公开范围，或者没有公开义务，或者信息不存在等。三是对公开政府信息行为不服起诉的，包括申请人起诉，也包括受到公开行为影响的第三人起诉的。对于第一种情形，即起诉纯正的不作为的，不作为的成立，必须满足以下几个条件：有为一定行为的法定义务；能够主动作为，或者申请人提出作为申请；行政机关没有作为。对于此类案件，人民法院需要重点审查被诉机关是否具有《条例》规定的公开政府信息的义务；申请人申请公布的政府信息是否在《条例》规定的应当公开的范围；申请人是否提出了相关的申请；行政机关是否在法定期限内未予答复，等等。对于第二种情形，需要重点审查行政机关拒绝的理由是否成立，即申请公开的信息是否属于公开的例外，或者确实不存在，或者涉及国家秘密、商业秘密、个人隐私而不能公开。需要注意，因为行政机关已经明确拒绝，可以推知已经收到申请，不需要再审查是否提出了申请。对于第三种情形，要重点审查公开行为的程序、法律依据等等。
审理政府信息公开行政案件，最常遇到的一个问题是：申请人申请公开的政府信息，是否属于应当公开的范围。行政机关往往会主张申请人申请的信息属于公开的例外。如果行政机关这样主张，须在诉讼中负举证责任，充分说明理由，应当有一个比较令人信服的分析。在此过程中，“行政机关的证明当然不能泄漏文件的内容，然而支持行政机关证明的理由和根据，必须不被原告的反驳所推翻，能使法官确信行政机关理由的正当性。”[10]法院在审理过程中需要衡量政府保密的利益和公众知情的利益。对于何为公开应作扩大解释，而对于哪些属于不公开应作限制性解释。这里需要注意的是，对于政府信息已经设定国家秘密等级的，法院在审理时，只要文件显示属于国家秘密的，对于相关部门的意见，法院应当予以尊重，不能再审查该确定是否合理。对于这类案件的证据质证，应当根据《最高人民法院关于行政诉讼证据若干问题的规定》第37条的规定处理，不得在开庭时公开质证。
还有一种情形是行政机关答复说申请公开的信息不存在。《条例》第21条第3项规定：对于政府信息不存在的，应当告知申请人。如果确实没有该信息，行政机关应证明其确实没有制作、没有保存以及确实经过搜索，没有发现。《条例》第19条要求行政机关编制、公布政府信息公开指南和政府信息公开目录，并及时更新，如果在政府信息目录中显示有该信息，则行政机关不能再主张该信息不存在。另外，美国情报自由法里面规定了政府信息的除外制度，即虽然有申请人需要的信息，但行政机关基于某些原因，可以回答该信息“不存在”。例如，对于泄漏刑事程序中的秘密信息来源的文件、联邦调查局关于间谍、反间谍和国际恐怖主义的文件，行政机关可主张不存在。《条例》对此没有规定，但如果申请人要求公布涉及国家安全的信息，行政机关拒绝的，法院不应再对理由是否成立进行审查。
