征收决定后的协商又可分为两个阶段。由于征收已成定局，被征收入往往会因为失去拖延征收的“砝码”而趋向合理的补偿要求，此时，启动补偿标准的协商程序，被征收入较容易接受征收机关的补偿提案。如果被征收入仍对征收机关的补偿标准存有异议，可向法院提起行政诉讼寻求司法解失。笔者认为，补偿标准的协商启动应建立于四点事实基础之上：一是双方对补偿金额存有争议；二是达成共识存有可能；三是达成共识为时不晚；四是达成共识有利于后期拆迁行为的顺利实施。总之，补偿协商可以贯穿于拆迁前的各个阶段，只是不同阶段双方的地位不同、优势不同而已。然而“先补偿后拆迁”乃是根本准则，协商的终点是双方达成补偿协议或法院判决补偿方案，至此方可进行拆迁。
（二）协商补偿标准的特定情形
在立法上确认以市场价格为补偿标准的前提下，公众参与补偿标准的适用主要针对两种情形：一是如何确定市场价格；二是对其他可能影响补偿合理性的特殊情况的考量。
确定市场价格的协商的内容主要包括：房屋重置价格（即重新建造等面积房屋的价格）的确定；区位价（即该房屋所处区位的价值）的确定；估价时间点的选择和房屋折旧率的估算等。除此之外，双方还应该就基于以上内容确定的市场价格的合理性进行对论。
从实践经验来看，上述前两项价格一般由政府房屋管理部门制定和发布，一般会似于当地市场的实际价格。而对被征收入而言，补偿金额是否足够够买另一套相应住房才是判断市场价格确定是否合理的实质标准。因此，是按照实质合理的比照法估价，即“将需估价的拆迁房地产与在估价时点近期交易已成交的类似房地产（三个以上可比实例）进行比较，根据规范对实例的已知价格作适当修正，测算出拆迁房地产的客现合理价格”；[23]还是按照房屋管理部门制定和发布的许据进行估价，是双方协商的最主要内容。
其他可能影响补偿合理性的特殊情况主要是对特困户、残疾人、孤寡老人、世代祖居户的个案补偿。他们与征收机关之间协商的内容，主要应围绕被征收人的特殊情况能否构成要求额外补偿的原因而展开。从被征收入的角度来说，对特困户、残疾人、孤寡老人给予额外的补偿，其理由是不能由于征收、拆迁对其生存带来威胁，[24]对世代祖居户给予额外补偿的理由是对其精神损害不应一概忽视。
征收机关按照被征收财产的实际价值，秉承“直接性、物质性、确定性”的原则进行补偿是符合征收行为的合法性的。但“合法性”不能等同于“补偿标准的合理性”，被征收入在协商中应有如下权利：(1)有权获悉补偿方案拟定的法律依据和事实依据；(2)有权就与补偿有关的事实和建议进行表达和举证；(3）有权就征收机关补偿方案的异议进行询问并获得解释。然而，作为公民基本权利的生存权、居住权的保障，乃是考量补偿标准是否合理的基本准则。此外，对生存困难者的补偿是否可以通过帮助被征收入安置住房、安排人住养老院、提供工作机会等多样化方式进行，对精神损害的赔偿是否主要应以财产性补偿为主等问题，都是应考虑的情形，且具有较大的对论空间与价值。[25]
