由此可见，在是否鉴定的问题上，被告人及其律师或当事人仅仅拥有申请的权利，人民法院有绝对的决定权，而当事人对决定不服时，却没有相应的救济措施，这一点在有重新鉴定、多重鉴定、多头鉴定的情况时更加引起当事人的不满情绪。
（三）当事人时鉴定过程的参与度不够，缺乏对鉴定相关事项发表意见的机会与权利
由于鉴定主要由公安司法机关控制，当事人难以实质性的参与鉴定程序，就鉴定相关事项发表意见。司法实践中，公安机关的鉴定部门，如公安部物证技术鉴定中心仅接触本系统内部或法院等司法机关提出的鉴定委托，不直接接触当事人。当事人对鉴定机构的选择、鉴定人的资质、鉴定材料的选择、鉴定目的等事项缺乏发表意见的法定渠道及保障，使当事人对鉴定程序产生“黑箱操作”的猜疑。以回避为例，虽然鉴定人属于被告人、当事人可以申请回避的人员范围，但在庭审阶段之前的鉴定过程中，当事人却没有得知鉴定人情况并发表自己意见的机会。
（四）鉴定结论的质证、审查判断操作不规范
虽然鉴定结论只是三太诉讼法中规定的证据法定形式中的一种，但因其专业性、科学性等特点，其在诉讼中具有较其他证据形式更高的可信度，对法官的影响力更大。司法实践中，鉴定结论的质证、认证存在多种问题，较为突出的就是鉴定人出庭问题。
在诉讼中，直接原则和言词原则是诉讼法学的基本原则，也是我国诉讼法相关制度构建的基本指导准则。就鉴定而言，鉴定人出庭作证接受双方当事人以及法官的当面质询是三大诉讼法对鉴定结论质证的基本设计，但在司法实践中这一规定常常被忽视，鉴定人出庭比例较低，这一点在鉴定机构具有官方或半官方背景时表现更为明显。这一现象的出现固然与我国诉讼法及司法解释对鉴定人出庭问题规定的强制程度不够，未将其与鉴定结论的证明能力、证明力大小相挂钩有关，但发掘其根源，这在于法官对鉴定结论认识的错误，一是将鉴定作为法院查明事实的方法，以法院为主体，忽视当事人的作用，进而忽视对当事人质证权利的保护，另一方面是对鉴定结论盲目“崇拜”，认为“鉴定都有结论了，当事人说什么都没用”，不重视对鉴定结论的质证和审查判断，将鉴定结论视为断案的唯一。
以上各种问题集中在一起，导致鉴定结论在司法实践中的公正性、科学性、客观性得不到当事人和广大人民群众的信赖，影响当事人对鉴定结论的接受程度，进而影响了当事人对相应判决的接受程度。
如何对司法鉴定中存在的相关问题进行制度化建设和规范，从制度上减少鉴定结论出错的几率，提高其客观性、可接受性，成为当前法学界和司法实务界广泛关注的问题，也有许多学者提出了司法鉴定改革的种种设想。在探讨现行司法鉴定制度改革话题的过程中，探讨的进路有许多，比如从完善对鉴定结构和鉴定人员的管理机制入手，探讨统一司法鉴定体制，成立相应行业协会，建立相应的行业监管主体、规章制度、监管程序方式等；或从鉴定人员的法律地位入手，研究如何确定鉴定人员在诉讼中的主体性质、鉴定人的准入资格、接受委托的程序、鉴定中的权利义务，错误鉴定的责任、对鉴定人的监督程序等；或从完善对鉴定结论的审查判断入手，讨论对鉴定结论质证的必要性、执政方式、方法、阶段、鉴定人的出庭义务、重新鉴定或补充鉴定条件，等等。
