在承认证明责任与主张责任有诸多牵连的情形下，两者之间的差异则表现得更为明显，其一是根据不同。如前所述，证明责任乃是要件事实存否不明情形下的法律措置，其理论根基乃在于确保国民接受裁判的宪法权利。申言之，法官作出判决之前提为事实存否明确，而事实存否不明的情形下，法官不得以事实不清拒绝裁判。因此，设置证明责任之法理依据在于保护当事人的诉权。依通说，主张责任之根据在于辩论主义。一般而言，辩论主义包含三点内容，亦即法院不得将当事人没有主张的事实作为裁判的基础、当事人自认的事实应作为裁判基础以及法院之证据调查以当事人主张的证据为限。其中，第一点内容即为主张责任之理论根基。
其二，两者的机能不同。证明责任乃是解决某要件事实存否不明之情形下法官的裁判基准问题。换言之，证明责任乃是一种法律措置。这是证明责任理论的原发动因。因事实存否不明之状态的确定基准时为口头辩论终结时，所以证明责任在诉讼中首先表现出来的作用并非指示法官下判，而是表现为两个方面：一者引导法官指挥诉讼。因为法院可以通过判定哪一方当事人承担证明责任来整理当事人的取效行为。[17]换言之，证明责任为法院的诉讼指挥提供了基准，决定了法官对于诉讼中的管理和指挥以及法官行使阐明权的对象。证明责任在诉讼过程中的作用对于诉讼当事人而言亦举足轻重。客观的证明责任之产生与诉讼审理进入终了阶段时事实仍处于存否不明之状态有关。但其实，该责任于诉讼前就影响了当事人的行为。交易者一般会在交易时就考虑到此后涉讼情形下的举证问题，而且还会及早准备以绝后患。当事人之间缔结的证明责任契约即是著例。此外，诉讼中的证明责任及其分配还是区别本证与反证、请求原因及抗辩（再抗辩、再再抗辩）的标准。当事人是否需要负担主张责任以及提供证据的责任，完全根据证明责任的归属来判断。在此意义上，证明责任可以说是整个“诉讼过程的指挥棒”。
而主张责任的功能则不同于证明责任。首先，主张责任的原初机能乃是解决诉讼要件亦即诉之合法性问题。当事人向法院起诉时，自当向法院提交诉状抑或口头陈述相应的诉求及事实、理由。否则，当事人会因诉不合法而遭致法院不予受理。其次，如同证明责任一样，主张责任同样具有诸多派生功能。主张责任令当事人承担主张责任的同时，也圈定了法院审判对象的范围，而在这个领域，乃是不容国家染指的首要区域。最后，对于他方当事人而言，一方当事人主张某要件事实还具有信息提供机能。这一点在审前准备程序中表现得尤为明显。换言之，当事人履行主张责任，同时也行使了主张权利。根据主张共通原则，只要某要件事实在口头辩论中出现即可，而不论其究竟是由哪一方当事人所主张的。因此，主张责任也蒙上了一层当事人对话交流的色彩。[18]
