中国红十字会总会与台湾红十字组织1990年在金门举行商谈，会后签署《遣返作业协议》（又称为《金门协议》），在合作打击两岸间的违法犯罪活动、解决违反有关规定进入对方地区的居民以及刑事嫌疑犯或刑事犯的遣返等问题上达成了某些共同意见。协议以“人道、安全、便利”为原则，对违反有关规定进入对方地区的居民和刑事嫌疑犯或刑事犯实施遣返，并就交接的地点、基本程序作了详细规定。[4]《金门协议》原由两岸红十字会执行，后来以民间团体身份出现，但具有半官方性质的海基会和海协会也取得执行权。
两岸侦查协作所取得的重大进展是海协会与海基会在2009年签署的《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》。根据该协议，双方同意在刑事领域共同打击犯罪、送达文书、调查取证等事项上进行合作，并且列出了双方同意着重打击的犯罪，其中包括毒品犯罪。特别是，协议明确规定，双方同意交换涉及犯罪有关情资，协助缉捕、遣返刑事犯与刑事嫌疑犯，并于必要时合作协查、侦办。在调查取证方面，双方同意依己方规定相互协助调查取证，包括取得证言及陈述，提供书证、物证及视听资料，确定关系人所在或确认其身份，勘验，鉴定，检查，访视，调查，搜索及扣押等；在人员遣返方面，双方同意增加海运或空运直航方式，遣返刑事犯、刑事嫌疑犯，并于交接时移交有关证据（卷证）、签署交接书；在执法费用方面，双方同意相互免除执行请求所生费用。[5]
相比之下，《金门协议》适用的对象较窄，主要限于遣返，而《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》在内容上覆盖了绝大部分侦查措施。协议生效后，两岸已有合作案例。[6]
同时，在域外合作方面，大陆地区常以国际刑警组织、《1961年麻醉品单一公约》、《1971年精神药物公约》、《1988年禁止非法贩运麻醉药品和精神药物公约》、《联合国打击跨国有组织犯罪公约》等为基础，要求相应缔约国提供广泛的法律协助，并且与联合国下设的麻醉药品委员会、禁毒署等禁毒机构密切联系，也凭借与一些国家的双边司法协助条约进行具体协作。但由于台湾地区不能加入政府间国际组织，大陆主流观念也认为两岸合作与国际合作有本质区别，因而两岸无法通过上述模式进行协作，只能选择两岸协商方式解决。[7]
因而，两岸现有毒品犯罪协作机制，仍以《金门协议》和《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》为主要依据，[8]并据此实施了大量协查、遣返、联合查缉行动，也有在第三国主导下开展间接缉毒合作的经历，[9]并取得了一定成效。
但是，犯罪侦查协作机制和制度的建立，最基本的要求就是要具有可操作性的书面协议。尽管从《金门协议》到《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》，两岸已经迈出了关键的几步，但这些协议本身仍然过于简单，合作通道仍然以民间组织为中介，对两岸官方机构缺乏强制拘束力，协议的执行往往依靠双方自觉，受当时政治环境影响较大，而且刻意规避双方侦查机关的直接对话，自然无法获得最佳的协作效果。有台湾地区研究者还抱怨大陆在执行《金门协议》等方面反应较为冷淡，并未积极配合。⑽而大陆亦有司法人员指出办理涉台刑事案件时遇到不少问题，在证据采信、协助调查等方面都有障碍。[11]
