当代生态法学的理论基础主要有：可持续发展理论；生态（环境）学理论；生态伦理（包括人类中心主义的生态伦理和生态中心主义的生态伦理）；生态经济学；风险社会理论；综合生态系统方法理论等。生态化方法是指运用生态学理论、遵循自然生态规律和经济社会发展规律而形成的调整人与自然关系的方法，又称生态学方法。综合生态系统方法理论在不同场合分别称之为综合生态系统方法（Integrated Ecosystem Approach，简称IEA）、综合生态系统管理方法（IEM Approach，有人译为综合生态管理方式、综合生态管理途径），有时简称生态系统方法(the ecosystem approach， EA)等。综合生态系统方法理论在生态法制建设中的应用主要是综合生态系统管理(Integrated Ecosystem Management，IEM)，综合生态系统管理是综合生态系统方法理论的集中反映、重要表现和典型代表；2000年5月，于肯尼亚内罗毕召开的《生物多样性公约》第五次缔约方大会通过的第V/6号决定《生态系统方式》明确提出了综合生态管理方法的12原则和5项导则，该决定认为：综合生态管理是有关土地、水和生物资源综合管理的策略，目的是采用一种公平的方法促进它们的保护和可持续利用。从环境资源法学上进行概括，综合生态系统管理是指管理自然资源和自然环境的一种综合管理战略和方法，它要求综合对待生态系统的各组成成分，综合考虑社会、经济、自然（包括环境、资源和生物等）的需要和价值，综合采用多学科的知识和方法，综合运用行政的、市场的和社会的调整机制，来解决资源利用、生态保护和生态系统退化的问题，以达到创造和实现经济的、社会的和环境的多元惠益，实现人与自然的和谐共处。根据《生态系统方式》提出的综合生态管理方法的12项原则和5项导则，环境法律可以建立健全符合生态系统规律和特点的政府环境责任体系和政府环境责任制度。
环境治理理论（包括协商民主和环境民主理论）也是指导健全政府环境责任的法学理论。“治理”一词是英文“governance”的翻译，“治理”不同于环境保护和环境资源法中常用的“治理”(elimination)、统治(government)、控制(control)和管理(management)。与治理相连的是治理理论。根据全球治理委员会于1995年发表的一份题为《我们的全球伙伴关系》的研究报告，治理的定义和含义如下：治理是各种公共的或私人的机构管理其共同事务的诸多方式的总和；它是使相互冲突的或不同的利益得以调和并且采取联合行动的持续的过程；它既包括有权迫使人们服从的正式制度和规则，也包括各种人们同意或以为符合其利益的非正式的制度安排。治理过程的基础不是控制，而是协调；治理既涉及公共部门，也包括私人部门；治理是一个上下互动的过程，主要通过合作；协商、伙伴关系、确立认同和共同的目标等方式实施对公共事务的管理，其实质是建立在市场原则、公共利益和认同之上的合作。理想的治理机制称为“良治”（good governance，也译为善治）。良治的主要特征是三种组织（行政性政府组织、营利性企业组织、非政府非营利组织），成三个部门（公共部门、私人部门、私人公域）对社会生活的合作管理，是政治国家、公民社会与市场的一种新颖伙伴关系，是三者共存的最佳状态。衡量良治的标准或构成良治的基本要素，包括但不限于正当性（也译成合法性，legitimacy）、透明性(transparency)、公信度（accountability，又译为公信力、责任性）、法治、有效性(effectiveness)、回应性(responsiveness)以及参与、协调、稳定、廉洁、公正等。根据哈贝马斯提出的交往理性概念、商谈理论和协商民主原则，公众与政府机关处于平等的法律地位，所有参与者都有权知道和评判对自身有约束力的政策和法律、有权知道政策和法律形成的过程、有权公开自己的理由和偏好、有权了解别人的理由和偏好，人们通过参与协商形成作为共识的法律，所有的人都成为自己行为的立法者，参与者能够自己调节自己的事务。在存在多元利益主体和多元文化的社会，只有这种通过协商民主而形成的政策、法律和规则才具有真正的正当性、合法性和有效性。根据当代环境民主理论，一个社会的环境政策和法律应该通过民主程序来制定，公众和权力机关在鉴定和争取公共环境利益方面应该有平等的自由和平等的影响力，应该联合起来共同做出那些影响公共环境利益的共有决定；公众应该参加鉴定那些规定公共环境利益的目标和价值的过程，并通过政治的和社会的组织行使他们的权力以保障公共环境利益。支持和服务公众参与是政府的一项重要职责。环境民主理念是公众参与环境保护的思想基础，公众参与是环境民主的重要表现形式。环境民主是正确处理环境资源工作和环境资源法制建设过程中政府和群众、管理者与被管理者、少数和多数的关系的基本原则，是正确处理政府与群众、环境污染破坏者与环境资源保护者的指导原则。实行环境民主和公众参与，是政府履行其环境责任的根本途径，是正确处理政府和公众关系的最好方式。实行公众参与可以增强政府决策和管理的公开性、透明度，使政府的决策和管理更符合民心民意和反映实际情况，减少民众和政府之间的摩擦，加强政府与公众之间的联系和合作。
2.健全政府环境责任的指导思想和原则
