关于二审的审理范围。国外立法例分为复审制、续审制及事后审制。我国法律虽然规定了“全面审查”原则，但究竟是复审制还是续审制在学界还存在争议。虽然有学者主张在我国一审程序不完善的情况下，二审应当坚持全面审查。但也有学者表达了不同意见，认为全面审查违反不告不理的原则，二审应当坚持“有限审理原则”。还有学者主张在坚持全面审查原则的同时，应突出重点审理，提出将全面审查原则改造为重点审查和一般审查相结合，对上诉书和抗诉书中明确记载的诉讼请求和理由应当重点审查，对未明确记载或记载不具体的进行一般审查。
关于二审审理方式。法律规定了以开庭审理为原则，以庭外调查询问方式审理为例外。有学者认为应明确规定开庭审理的情形，确立重要的证人出庭作证制度。有学者主张应根据案件的实际情况和案件本身的需要来进行选择，双方对一审认定的事实没有提出异议，那二审开庭就没有必要，符合诉讼经济的原则。还有学者认为二审理应全部开庭，被告人请求法院不开庭审理时是个例外，开不开庭应当取决于被告人的意志。
关于上诉不加刑和发回重审问题。目前还存在着大量发回重审导致程序倒流和变相加刑的现象。学者们普遍主张，将上诉不加刑改造为禁止不利变更原则，明确除检察机关提起不利于被告人的抗诉，或者是自诉人提起上诉外，任何其他情况都不允许作不利于被告人的改判。以事实不清、证据不足发回重审是学者们关注的重要问题，认为违背无罪推定原则，也与刑诉法修改后第一百六十二条确定的证据不足应当做指控罪名不能成立的无罪判决的规定相抵触。据此有人建议取消事实不清证据不足发回重审的制度，修改基于程序性违法而发回重审的理由，限制发回重审的次数，禁止变相的上诉加刑，审查发回重审时的被告人羁押的必要性。
刑事二审抗诉是人民检察院履行诉讼监督职能的重要方式。关于二审抗诉权的性质理论界存在几种争论：一是诉权说，认为抗诉是公诉权的延伸，与被告人的上诉权性质一样；二是诉讼监督权说，认为抗诉权是表现形式，监督权才是抗诉本质；三是兼有说，主张二审抗诉权的本质特征是监督权，监督权也需要以诉权的实现为载体。关于二审抗诉功能的完善，有学者指出：第一，应保障抗诉权良性运行之功能。为此一要取消法院内部的汇报请示制度，二要建立和完善案例指导制度，三要建立原公诉人参与抗诉案件庭审的制度。第二，完善防止抗诉权滥用之功能。一是明确二审抗诉案件的提起条件；二是完善被害人申请抗诉的相关规定。
