魏晋南北时期在地方行政上的一个突出特点，是所谓“都督刺史”制。魏晋以后，州为地方最高行政层级，刺史为地方最高行政长官，州府机构基本上保留了汉代刺史的佐僚系统。[21]但由于刺史多带将军开府，即另设有一个督府机构，其佐僚有长史、司马、录事参军、谘议参军和记室参军等。这就形成了一位长官两套班子的情形。这两套班子虽说是州官理民，府官理戎，但实际上难以区分，而且在用人行政上都由其长自主辟署。郡、县两级政府，其用人行政大略如汉制。不过，在南北朝时“辟署制”已出现了变化。北齐时，“州郡辟士之权，浸移于朝廷”；北周时，“刺史僚佐, 州吏则自署，府官则命于朝廷”。[22]这就是说，朝廷开始把都督刺史的用人权收回，削弱了它的行政自主性。
自隋朝取代北周进而统一全国以后，上述措施得到了全面推广。“六品以下官吏，咸吏部所掌”，“海内一命以上之官，州郡无复辟署”。[23]换言之，“辟署制”在隋朝被否定了。但隋朝的职官始分“流内”“流外”，所谓“海内一命之官并出于朝廷”，是指流内的“品官”，都由朝廷统一任命。“流外官”尚可以自行辟署；而且，由于军事的兴起，军政长官自主辟署佐僚的情形又势不可免。因此，辟署制在隋朝并未被完全摈弃。自秦汉到隋朝，辟署制从确立到原则上被否定，却又不能完全被摈弃，主要有以下三个方面的原因：其一，国家政权无论中央或地方总是需要具有行政能力、尤其是熟知地方政情的人来从政。这使辟署制的存在成为必要。汉代郡县长官辟署的掾属，一般是当地人。因为唯其如此，郡县长官方能知闾里之奸邪、黔庶之休戚。尤其是郡县长官实行“三互法”之后，地方政权辟署当地人为掾属更为必要。其二，国家政权无论内政或国防总是以军事力量为依据的，而军事的存在始终为辟署制提供了条件。由于军事系乎国家的安危，它就特别需要不拘一格地罗致人材，而不能局限于朝廷的铨选；尤其是军政需要的是军事长官的“专政”，而不是官僚之间的权力制衡，因此，在军政领域军事首领任用“私人”或者亲信作为自己的佐僚，便是最佳的选择。从政权的更替看，几乎所有的政权都是依靠军事建立起来的，因此，每一个新政权的诞生，都使辟署制有一个流行以至于泛滥的机会。此外，皇族势力的存在为辟署制留下了地盘。虽然秦朝废封建而建郡县，但承秦制的汉朝却部分地恢复了封建制。虽然这种封建制很快变成了“食爵而不领民”，但“王府”往往享有自辟佐僚的种种特权，既超然于官僚制度之外，又影响着官僚制度。
正是在上述因素的作用下，到了唐代，辟署制又获得了发展。唐代地方行政，继承了隋朝的制度，为州(郡)、县二级制，品官皆由朝廷任命(有所谓“册授”、“制授”、“敕授”和“旨授”等方式)；流外官则由州县长官自行辟署，时称“判补”。[24]此外，唐代在地方专司军事的将领如总管(后改为都督)，尤其是督察军事的大总管(后改为大都督)和因征伐而设的行军大总管以及临时出征的将帅等，允许其自辟僚佐。辟署制在唐朝的兴起以至于泛滥，是在唐中叶由节度使或观察使取代了上述军职而兼领州刺史，仿佛重演魏晋时“都督刺史”的局面以后。节度、观察使职兼刺史，又是一官底下两套机构。其中一是刺史的州府机构；一是节度使或观察使的使府机构。这种局面的出现，根本的原因在于当时的社会动荡和军事专政。但从历史原因而言，一是来自军政系统自主辟署佐僚的传统；一是基于唐初分道设置巡察使和按察使等监司之官的制度。巡察、按察诸使的设置与汉代的刺史一样，本来为中央派遣到地方访察州县的监察官，其佐僚的配置原本也不完备，但其事务却很繁重。“巡察使率是三月之后出都，十一月终奏事，时限迫促，簿书委积，昼夜奔逐，以赴期限”，[25]这就形成了自辟佐僚的基础；以至于改设观察处置使之后而成为州上面的一级新的地方行政机构。中唐以后，各道由节度使兼观察使以及团练、防御、租庸、营田等使，又兼州刺史，地方政治中军政、监察和行政三者合流，因而再度出现了汉末魏晋时期的局面；尤其是科举的“新及第人，例就辟外幕”，[26]受诸使辟召而署为幕府之职，成了初官人仕进历练的必经之途，再加上科举落第 “布衣流落才士，更多因缘幕府，蹑级进身”，[27]“幕府”的声名也就由此大噪。不过，唐代辟署制的适用范围仅仅在于使府机构，而不涉及州府机构，即它局限在军政系统。这是它与魏晋时期的一个不同点。另一个不同点是它在自主权上稍有削弱。唐代诸使府“副使”以下皆可自辟，但署为幕府之职必须奏闻朝廷，所以唐代把辟署往往叫做“奏辟”；未向朝廷奏报而没有官职者，则称“摄”。[28]至于唐代后期节度使“所属文武官，悉皆自置署，未尝请命于朝”，[29]其中擅署使府佐僚和擅置州县长吏及其佐僚的情形，虽可在幕府制度史上找到其渊源，但就唐代而言，确实是藩镇割据自雄的表现。
