审查起诉采取何种方式进行，是审查起诉制度设计的重要问题。在世界范围内，审查起诉的方式主要有三种：1.审查式。审查起诉的活动秘密进行，不采取开庭的形式，不实行控辩双方对抗，而是由检察机关根据侦查收集的证据和查明的事实，依法裁量作出是否起诉的决定。这种审查起诉的形式，在检察机关作为公诉主体独立享有对公诉的审查和决定权的国家广泛实行。2.听审式或抗辩式。主要适用于英美当事人主义国家法院对公诉的审查，如英国治安法院对以正式起诉程序移送刑事法院的案件所进行的预审，审查起诉通过听取控辩双方的口头辩论以及调查控辩双方出示的证据等方式进行。3。折中式。检察机关或其他有权机关进行审查起诉并不仅仅依据侦查终结的结论，还需要听取侦辩双方的意见，必要时亦可自行进行调查以决定是否起诉。
在1996年修改刑事诉法之前，我国审查起诉的方式具有很强的职权性与封闭性，追诉色彩浓厚。审查起诉的活动由检察机关主导和控制，审查起诉的决定由检察机关独立作出，辩护律师不能介入，被害方意愿也很难体现。1996年修改
刑事诉讼法时对审查起诉的程序作了适当改造，允许犯罪嫌疑人在审查起诉阶段正式委托辩护人，允许被害人聘请代理人，同时在审查起诉的方式上注重了民主性，增加了透明度。
刑事诉讼法第
一百三十九条规定：“人民检察院审查案件，应当讯问犯罪嫌疑人，听取被害人和犯罪嫌疑人、被害人委托的人的意见。”
遗憾的是，立法对审查起诉程序的规定总体而言还比较粗疏，检察机关也未能结合诉讼实践进一步加以丰富和细化。时至今日，例如“控辩双方如何参与，检察机关是否同时听取双方的意见和陈述，负责侦查的侦查人员可否到场陈述，甚至审查起诉是否保持类似开庭审理的形式等，这些问题都没有明确的规定”。[8]从法律修改后十余年实施情况来看，审查起诉的程序未有根本性的改变，辩护律师在审查起诉阶段难以作为，作用甚微。在未来公诉改革中，应当以宽严相济的刑事政策为指引，着力改变现行“一元化、职权性”审查起诉程序构造，努力实现审查起诉程序的“诉讼化、对抗性”。
具体而言，主要可从两个方面进行改革。第一是审查起诉的程序完善。我国的审查起诉程序，不像检警一体化国家那样只是侦查终结时的处理，审查起诉具有不依附于侦查行为的独立性，是公诉权和法律监督权的统一。检察机关审查起诉不能异化为对侦查结果进行简单确认和复式强化。审查起诉的程序要适当借鉴审判程序加以诉讼化改造，即改变检察机关单方作业模式，允许侦查方、被害方与辩护方深度参与与适当对抗，检察机关作为裁判一方在侦查结论与辩护主张之间进行权衡与裁决。对于某些重要决定例如酌定不起诉或者附条件不起诉的作出，可以试行采取公开听证的方式。
