（一）坚持立案制度，发挥其保障人权的功能
我国刑事诉讼法学界对于立案程序的存废之争有“肯定说”、“否定说”和“保留完善说”如“否定说”以为，立案的条件要求背离了人的认识规律；与无罪推定原则相背离，有审前预断之嫌疑[4]。（P.334-335）。“立案阻碍了侦查功能的发挥，使侦查无法展开。为了让侦查发挥其应有的作用……应该改变我国的侦查启动模式，取消立案程序”[5]。
立案的存废之争不可避免地涉及到立案与初查的关系，因为立案制度是初查产生的制度前提，否定了立案制度也就否定了初查制度存在的必要性。立案“肯定说”侧重的是刑事诉讼的人权保障功能，“否定说”突出的是刑事诉讼的控制犯罪功能。正如“陈稿”的论证“说明理由”所指出的那样，“为了保护公民权力不因侦查犯罪而受到过度干预，在我国侦查手段法治化不高的现实情况下，将立案活动作为一个相对独立的诉讼阶段具有防止侦查权力扩张和侦查手段滥用的现实意义”。即立案制度是我国现实国情下实现控制犯罪和保障人权的最佳选择，否定立案制度转而效法西方国家的侦查启动模式不符合我国现实国情。基于此，“两稿”坚持了立案制度。如“徐稿”第159条和“陈稿”第160条的规定依然以“认为有犯罪事实需要追究刑事责任”作为决定立案的条件。质言之，坚持立案制度，发挥立案制度的人权保障功能是“两稿”初查规定的基本前提，至于立案程序的屏障功能在一定程度上制约了刑事诉讼启动程序对犯罪的输入功能，则可以通过初查制度来予以弥补。
（二）赋予初查合法地位，增强发现犯罪能力
从立法论出发，初查的法律地位取决于初查在刑事司法实践的应然价值--通过初查，克服立案程序制约犯罪输入功能的缺陷，增强发现犯罪的能力，以实现发现犯罪和保障人权的平衡。此点从初查产生与发展的实际情况中也可以得到印证。初查产生于我国检察机关办理职务犯罪案件和公安机关办理经济犯罪案件的实践中，尤其是在检察机关办理有关职务犯罪的大案要案中发挥了较大作用，成为我国反腐败制度的重要组成部分之一。因为职务犯罪案件的隐蔽性强，犯罪黑数率高，立案程序制约犯罪输入功能的缺陷在职务犯罪领域尤为明显，为了有效地发现、控制此类犯罪，初查制度应运而生。只是囿于现行刑事诉讼法对初查未予规定，加之初查法律制度不完善使得初查权滥用造成了一定危害，从而导致了理论界对初查制度的争议和实务界的初查实践处于尴尬的境地。面对以上争议与尴尬，“两稿”果断地以不同的表现形式将初查制度纳入了立法建议，主张赋予其合法地位，肯定了初查制度的价值。
