（二）环境污染被害人诉讼权利的缺失。
首先，环境污染犯罪自诉权利处于弱势地位。由于环境污染犯罪具有较高的科学技术含量，要证明污染行为与损害有因果关系，对于调查取证能力有限的环境污染被害人而言是个十分苛刻的要求，并且自行收集的证据在很大程度上难以达到法院所要求的证明标准，与公诉案件的起诉作程序性审查相比自诉条件更为严格。环境污染被害人的技术劣势地位决定其丧失了自诉环境污染犯罪的能力，若要维护其权利必须借助公力追诉环境犯罪。例如，常见的因为企业排放污水，致使被害人人身或财产损失的案件，被害人要通过测量介质流量和污染物浓度计算排放总量（一般污染者不会主动提供，甚至提供虚假数据）。
其次就是各种污染物对环境的有害程度、对生物体的毒性以及处理的技术等问题。在环境污染犯罪中，以排污行为与损害结果之间的因果关系证明最为主要，而经常出现的多个污染源排污导致一个环境污染犯罪事实的发生，或者是偶尔某种原因造成一种严重的损害结果，这些对于已经遭受到人身或财产损失的被害人来讲是难以证明清楚的。因此丧失了追诉环境污染犯罪的自诉权。其次，环境污染被害人上诉权的失衡。环境污染被害人在诉讼过程中既不是起诉人，也没有上诉权，只有请求抗诉权。而请求检察院的抗诉权利，要受到检察机关的制约，因为人民检察院主要是从法律监督的角度审查人民法院的判决、裁定，不取决于被害人的主张，可见请求抗诉权不必然导致第二审程序的启动。环境污染被害人是环境污染犯罪行为的直接承受者，因环境污染犯罪行为遭受身体健康重创，致伤、致残甚至失去生命，有的精神遭到严重伤害，有的物质损失巨大，案件的处理结果与其有着直接利害关系。对人民法院的判决和裁定环境污染被害人理应有服或不服并充分表达意见和看法的权利。被害人与被告人都与案件结局有直接利害关系，在诉讼中都是当事人，只赋予被告人上诉权，而不赋予被害人上诉权，这显然不符合“当事人诉讼权利平等”的原则。
第三，我国环境污染被害人诉讼主体地位的偏离。环境污染被害人和公诉人在刑事诉讼中同属原告方或称控告方，具有一致性。但二者之间仍然存在着区别，被害人的独立性是其人格尊严的反应，主要表现在人身和财产不受侵害，获得社会尊重，这就决定了环境污染被害人要积极参与诉讼。环境污染被害人是遭受犯罪行为侵害的人，通过参与刑事诉讼使自己受到的损失得到补偿，被害人有权请求国家利用司法权力为其提供救济，当被害人仅凭自己的力量无法充分利用司法资源时，国家有义务帮助他充分利用国家的司法权，补偿环境污染被害人所受到的损失。但是，在诉讼当中，关于环境污染被害人诉讼地位的法律中绝大多数都视其为证人。作为环境刑事犯罪承受者的被害人，在国家惩罚犯罪的过程中成为手段和工具。在恢复犯罪对被害人的损害时，局限在物质损失，以经济补偿为主，环境污染被害人更加趋向于客体化和工具化。
