（一）自然资源所有权虚置根据我国现行的自然资源法律规定，所有的自然资源均归国家和集体所有。在我国公有制经济制度大前提下，各项自然资源归国有或集体所有无疑是恰当的。然而，国家和集体本身的虚拟性、抽象性以及模糊性导致其行为能力的局限性，不可能真正去行使所有权人的占有、使用、收益、处分等权能。这就必然导致国家、集体对自然资源的所有权是一种“虚所有权”，其结果往往是分解或架空了国家所有权和集体所有权。同时，由于缺乏具体的资源所有权主体代表，在制度上没有明确中央政府、地方政府、部门以及所在地居民的权利义务，国家和集体所有权已被部门所有、地方政府所有、社团所有和个人所有这样一种非正规的资源所有权体系所取代，结果造成了事实上的上述非正式的占有现象，形成众多资源利用利益分配上的矛盾，从而导致各种开发者，包括部门、地方和个人，都争夺资源开发权益而不顾自然资源持续利用的严峻局面。这种局面则使得资源所有权制度的再确立已成为当前自然资源立法中的一个紧迫问题。同时，资源所有权虚置还表现在自然资源所有权不具有排他性 。如前所述，我国自然资源属于国家和集体所有。从理论上讲，这种公有权也具有排他性，但由于自然资源所有权主体和内容不明确，造成了自然资源所有权的非排他性。首先表现为在公有内部，国有与集体所有之间界限不清。对于宪法原则性规定的属于国家和集体所有的自然资源，法律并未具体明确哪些属于国有，哪些属于集体所有。其次，国家和集体作为自然资源所有权的主体，其本身具有抽象性，它们不能亲自具体行使自然资源所有权的占有、使用、收益和处分的种种权能，这就需要明确规定由谁代表国家和集体行使资源所有权。根据我国现行立法的规定，国家所有权由国务院代表行使，集体所有权由集体组织统一行使。可是在实际运作中，国务院对自然资源国家所有权的行使是由其本身和地方各级政府共同实现的，但法律没有进一步明确中央政府、地方政府、部门、企业及个人的具体权利义务，导致了国家和集体的自然资源所有权被部门、地方政府、企业和个人所架空和分解，所有权主体形同虚设。
（二）自然资源流转制度不健全纵观我国的自然资源法律规定，大都因自然资源归属国家或集体所有而疏于对资源产权流转制度的规定，只有《土地管理法》和新修订的《矿产资源法》对土地使用权和矿产资源的探矿权、采矿权在特定条件下的流转做了规定。但是，由于对土地使用权的流转缺乏相应法律措施的有力保障，从而导致了国家土地资产严重流失的巨大黑洞，据国家土地管理局的估算，通过土地使用权流转的各个环节流失的土地资产每年可达200~300亿元。而矿产资源探矿权、采矿权的流转制度也处于初创阶段，更需要制定具体办法和实施步骤加以规范、引导与保障。
