经过长期的实践，我们越来越发现排污收费制度的缺陷。
首先，排污收费制度下，企业只要达到政府规定的排污标准，就没有进一步的动力去减少排放量。而且由于费率或税率一般是固定的，经常低于治污的边际成本，企业宁愿交税交费而不愿花钱去改进设备或者购买治污设备以减少污染排放。由此企业失去了环保的内在激励机制。
其次，排污费征收标准的制定必须以对边际私人纯收益和边际外部成本的测算为前提。由于信息不对称，政府难以事先确定排污标准和相应的最优费率。最优排污费率过低，企业将选择交税而不是添置污染控制设备或采用新工艺。最优排污费率过高，则会增加企业成本，削弱其产品竞争力。在不完全竞争条件下，当企业具有市场势力时，垄断厂商可以用提价的方法将收费负担转嫁给消费者。
再次，实施“庇古手段”，政府可以获得经济收益，增加“寻租”的可能。同时，环境标准和排污费征收标准的修改涉及各方利益，因而相关者会力图影响政府决策，使修改久拖不决，增加社会成本。[1]
（二）科斯定理
科斯定理是指：在产权界定明确且可以自由交易的前提下，如果交易费用为零，那么无论法律如何判决最初产权属谁都不影响资源配置效率，资源配置将达到最优（这段表述也称科斯第一定理）；在存在交易费用即交易费用为正的情况下，不同的权利界定会带来不同效率的资源配置（这段表述也称为科斯第二定理）。这种理论将外部不经济性与所有权联系起来，强调通过或依靠私人行为来解决外部不经济性问题。根据科斯定理，只要明确产权和依法保障产权，可以在无需政府行政干涉的情况下，通过产权方、侵权方或围绕产权的有关各方的讨价还价，而实现没有社会成本的环境优化管理。科斯定理应用于环境控制的基本思想仍然是社会成本和经济效益问题。科斯定理主张通过产权的明确界定及其交易，实现将企业生产过程中的外部成本内在化。它在实践中的应用体现为排污权交易制度。
排污权交易的结果是全社会总污染治理成本最小化，达到理想的帕累托状态，形成均衡价格。市场确定价格的过程就是优化资源配置及治污责任分配的过程。总量控制效率上，排污权交易制度实际上是先确定污染物的排放总量控制指标，再通过排污权交易，实现低成本污染治理。政府机构可以通过发放或回购排污权来影响排污权价格，从而控制环境标准。若环境保护组织不满意政府的环保政策，也可购买排污权，以减少污染物排放量。
