行政主体有效规范了我国行政机关行为，但也潜藏危机，这缘于各级行政主体独立性的缺失。实际上，实行单一制的我国，虽然行政机关不能自行设立也不具有独立地位，但地方政府和行政部门都有自身利益，基于利益争夺而产生的地方保护和“跑部钱进”现象比比皆是；国家赔偿主体往往是地方政府等，这些不可辩驳的证明，地方政府和特定的行政部门具备相当程度的独立性地位，已然是行政主体；若否认地方政府和政府部门的独立性，则如同视国务院为唯一政府，明显有悖于常规，也不符合多元化原则。

　　行政主体独立性的欠缺，在于宪法规定的模棱两可。权力分割在各级政府间、同一级政府间、一个或多个政府之间会引发各种矛盾，归根结底都牵涉到对政府权力限制的立宪问题。[①]宪法规定的疏漏，导致了府际争议的无解。我国宪法并未将国家与地方作为两种统治实体予以区分，但若有明确的地方自治观念，立宪者并不会将地方和国家共用一体。[②]现实层面中央与地方分权已经显现端倪，从财权和事权相一致的原则来看，分税制正是中央与地方权力分割的诠释，也正是行政主体独立性的证明。我国行政主体的独立性还涉及到党政分开、政企分开问题，情境尤为复杂，更需要以宪政秩序快刀斩乱麻。行政主体的独立地位不容忽视，重塑行政主体的独立性刻不容缓。

　　行政主体独立性的建构，必须以权责清晰、泾渭分明为基础。从行政立法的滥觞而言，我国行政立法主体的立法范畴界定模糊，立法过程监督匮乏，造成多元行政主体间矛盾重重。如国务院和各部委制定的规章涵盖全国，地方政府制定的规章适用地方；可在权限划分不清的情况下，行政立法主体力求自身利益最大化，制定的行政法规之间抵触颇多，破坏了法律规章的严肃性。以邻为壑和各自为战的策略，只能导致行政主体间关系如同一锅乱粥，遇到困难就互相推诿责任，碰到利益则抢夺行政资源。这种看似团结一致实则彼此掣肘的方略，是规避多元行政主体存在利益的结果，选择性失明的后果只能是乱上加乱，必须审视和承认行政主体的利益，权力分配公正、责任划分清晰，达到权责相称，奠定合作基础。

　　府际关系不只是孤立问题的汇总，若不了解政府间体制、历史与结构，则影响府际关系的缘起无从探寻。[③]我国府际关系难以处理的原因在于，各级政府及政府部门之间多元主体相互作用的网络关系错乱，中央政府、多元地方政府和政府部门等行政主体参与过多以至于混淆。尼古拉斯·亨利认为“联邦政府与州政府及州政府彼此之间的关系”是“联邦关系”，而“拥有不同程度的权威和管辖自治权的政府部门之间的关系”是“政府间关系”。[④]我国并非联邦制国家，无论中央政府、中央政府部门及其直属机构、地方政府及地方部门之间的关系，都可涵盖成府际关系。行政主体独立性地位的重塑就提升日程，府际关系协调绝不可以如庄周梦蝶般分不清彼此，必须明晰主体、设定权限、明确责任。多元行政主体，在彼此尊重独立性的基础上，达成了行政生态系统的闭合，在法治框架下建构自生自发秩序。