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目前，我国的农产品生产，一方面是大宗农产品相对过剩，价格低迷；另一方面，安全、优质的农产品却相对供应不足，制约了农产品市场的拓展和效益的提高。由于食品安全优质问题给农业经济效益提高带来的不利影响，也已成为农民收入增长不快的一个重要因素。
5.对人体健康的危害不容忽视
(1)对人群恶性肿瘤发生的影响不可忽视
目前，我国还没有直接的有关农村面源污染对人体健康影响的报道。但是，现有可供研究的监测资料可以间接反映出农村生态环境变化对人体健康造成的不利影响。二十世纪70年代，我国恶性肿瘤的调整死亡率为84.85/10万，到90年代上升了11.56%，达到94.36/10万。城市人群肺癌发病率和死亡率高于农村，胃癌等消化系统癌症农村居民高于城市。有些农村地区，由于过量施用农药、化肥，以及公共卫生设施落后，致使农村一些未经处理的农业污染物随意堆放或直接排入水体，一些农村地区的生态环境出现了明显恶化，农村居民恶性肿瘤的发病率和死亡率也呈现出持续升高的趋势。目前，农村居民恶性肿瘤的发病率和死亡率总体上已高于城市居民。
对比我国农村恶性肿瘤的高发病种，可以说与近年来农村水环境质量不断下降的趋势有着极为密切的关系。从环境污染的视角看，不可忽视农业面源污染对人群恶性肿瘤发生的影响。
(2)加重当地肠道传染病的流行
随着许多地方畜禽粪便直排水体，在加重水体富营养化的同时，也加重了当地肠道传染病的流行趋势。据联合国儿童基金会发布的《2005年世界儿童状况》记载，我国5岁以下儿童死亡率在全球排第87位，属偏高的位置。而肠道传染病高发是目前我国农村5岁以下儿童主要死因之一。我国长江流域的湖南、湖北、江西、安徽、江苏、四川、云南等7省100多个县市，血吸虫病患者总数80多万人，生活在上述疫区的民众达6000多万人。而粪便的无害化管理和利用，对降低儿童死亡率和控制血吸虫病的流行都是非常重要的关键环节。
(3)婴儿发生出生缺陷的危险性提高
据全国妇幼卫生监测办公室的统计资料显示，全国从1996年至2000年，出生缺陷发生率呈逐年上升趋势，且农村高于城市。这种状况广泛存在于山东、湖南、湖北、广西、河北、河南、陕西、山西、甘肃、宁夏和天津等10多个省、市、自治区中。尽管人类的出生缺陷与许多有害因素和生活行为、习惯有关，但孕妇接触农药与出生缺陷的关系已得到证实。有文献报道，农药与各类出生缺陷存在病因联系，孕期接触农药可使婴儿发生出生缺陷的危险性提高1.22倍。预防农药对出生缺陷的危害已是一个十分迫切任务。
6.制约农业和农村经济的可持续发展
农业污染造成的经济损失十分严重。一些农业污染严重的地区，出现了农作物减产，质量下降，甚至传统农作物无法继续种植的现象。农业污染还造成渔业、畜牧业、旅游业的经济损失。据有关专家对20世纪90年代中期中国水污染造成的工农业、旅游业和人体健康的经济损失进行了估算，折合1995年的货币量为1428.9亿元，占全部环境损失的76.2%，占gdp的2.44%。1997年世界银行《碧水蓝天：展望21世纪的中国环境》的报告估算我国每年因水污染造成的经济损失为330亿人民币，占该年gdp的0.44%。亚洲开发行认为，我国农业面源污染造成的直接经济损失占全国gdp的0.5%—1%之间。还有专家对我国2004年化肥生产的能耗数据进行了测算，结果是2004年我国因化肥利用率低而间接浪费煤炭2673万吨，天然气45亿立方米，重油168万吨，电158亿度，分别占全国总产量的14.1%、13.3%、0.96%和0.72%。
农业污染给本已脆弱的农业生态系统造成的严重危害，从现象上看，是直接或间接地影响农产品的数量和质量，对人体健康产生危害。从本质上看，对农业、农村经济的可持续发展、国家的粮食安全、甚至社会稳定带来的负面影响已成为一个重大的社会问题。
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