（五）民事债权债务关系与国家赔偿法律关系如何衔接认识不一致。在调研中发现，经判决的民事债权债务关系尚未清偿，由于民事案件的执行违法或诉讼保全违法，该行为被确认违法后，给予国家赔偿的案件，当事人应履行的民事债务是否应当从赔偿金中扣除的问题，目前我省各级法院认识尚不统一。实践中有两种意见，有的主张从赔偿金中扣除，如果不予扣除，全额支付赔偿后，原有的民事判决就难以得到执行。赔偿请求人（原民事案件被执行人或被保全人）很可能以法院的执行行为违法为由拒绝履行民事判决确定的义务。造成新的“执行难”，不利于案结事了。有的不主张从赔偿金中扣除，因为法院作为赔偿义务机关时，其履行的是法定赔偿义务，不能再同时享有国家审判机关的身份。在赔偿义务机关办理赔偿案件时，应解决的是其行为是否构成违法、是否造成损害、应否赔偿以及赔偿多少的问题。因此，法院作为赔偿义务机关办理赔偿案件时，只能解决其与赔偿请求人之间形成的国家赔偿法律关系问题，而无权审理及处分当事人之间的民事权利义务关系。例如，省法院审理的毛某某请求国家赔偿一案，就涉及民事债务是否要从赔偿金中予以扣除的问题。兰州市城关法院也碰到过类似案件。此类案件的处理，在“确赔合一”后，仍然亟待解决。

　　（六）结案方式机械化。最高人民法院《确认规定》对审理人民法院国家赔偿确认案件只规定了两种结案方式，即裁定确认违法和不予确认违法。对于符合受理条件作为的司法行为，采用这两种裁定方式是正确的。而对于不作为的司法行为，申请人的请求不成立的或是不属于国家赔偿案件审查范围但已经立案的案件，采用不予确认违法的裁定方式就比较机械。如我院受理的张某某申请确认临夏县法院保全行为违法一案，由于临夏县法院不存在不积极履行保全义务的行为，因申请人请求不能成立，受理后只能采用不予确认违法的方式结案，形式上表现出套用发条、机械办案。目前，国家赔偿确认案件需要类似于民事、行政案件裁定驳回起诉和判决驳回诉讼请求的裁判方式结案的相关规定。

　　（七）申诉制度设计和司法实践中具体操作存在矛盾。新修订国家赔偿法第三十条，赋予了赔偿义务机关和赔偿请求人申诉权。现行《确认规定》第十四条也规定了申诉制度。现在存在的问题是各级法院赔偿委员会的决定作出后即生效，就应当实际履行支付赔偿金的义务。但由于案件还存在申诉的可能，申诉后若是改变了原决定，支付的赔偿金在理论上可以执行回转，但在司法实践中若想要回已支付的赔偿金则几乎是不可能的，但如果不立即执行又损害生效决定书的公信力，目前制度设计和司法实践存在较大的矛盾。同时这样也浪费司法资源。新修订的国家赔偿法，仍然坚持了司法赔偿程序的“一审终审”制度，未规定必要的申诉程序。司法实践中，大量的国家赔偿案件都进行了申诉程序（最高人民法院、省高级人民法院受理的赔偿案件大多数为申诉案件），申诉程序已经成了国家赔偿案件的常态，“一审终审”的制度设计很难满足司法实践中大量申诉案件处理的要求。