第三，规范性法律文件之间相互冲突
在现有的部门立法体制下，各部门都将水作为自己的立法对象，如以水行政部门为主制定的有《
水法》、《
水土保持法》、《
防洪法》、《
取水许可制度实施办法》、《
河道管理条例》等；以环境保护部门为主制定的有《
水污染防治法》；其他如农业、渔业、航运、地质矿产等部门也制定有与水相关的规章。由于这些规范性法律文件都规定了以不同部门为主的监督管理体制,而这些部门之间又缺乏相应的协调机制，对取水、用水、排水等进行了分割管理，目标及内容往往相互冲突。规范性法律文件冲突在地方性立法领域表现得尤为突出。由于我国长期以来在流域管理问题上形成了分段管理的习惯，也造成了地方性法规和地方政府规章对同一流域分段立法现象的普遍存在。但是，在没有一个统一的立法目标和任务指导下的分段立法和分段管理是极为有害的，其表现就是地方立法存在片面强调地方管理，忽视流域管理、机构管理的现象。
2、水环境与资源的管理存在诸多问题
我国的环境管理体系是建立在城市和重要点源污染防治上的，对农业、农村污染及其特点重视不够，加之农业环境治理体系的发展滞后于农业现代化进程，导致其在解决农村环境问题上不仅力量薄弱而且适用性不强。目前，我国的农村环境管理体系呈现以下特点：环境立法缺位；农村环境管理机构匮乏；环境保护职责权限分割并与污染的性质不匹配；基本没有形成环境监测和统计工作体系等。我国目前的诸多环境法规，如《
环境保护法》、《
水污染防治法》等，对农村环境管理和污染治理的具体困难考虑不够。例如，目前对污染物排放实行的总量控制制度只对点源污染的控制有效，对解决面源污染问题的意义不大，对诸多小型企业的污染监控，也由于成本过高而难以实现。
我国的水资源管理体系是一种交叉状管理，系统最高部门为水利部，直.接对人大负责。水利部管理下属省一级水利厅，而各省往下依次根据行政区划设立水利局，最低一级为乡镇级水管站。而从省到乡镇，每一级的水利部门又要服从上一级人民政府领导，同时，水利部下属的七大流域委员会又要对相关流域的省一级人民政府的水资源管理工作进行必要的监督和指导。这样就形成多头领导的局面，很容易产生矛盾，因为水利管理部门的利益目标和地方政府的利益目标是有差异的，这就会造成两者在行动上的不一致，以致在经济建设过程中地方政府以牺牲生态环境为代价发展经济的现象很多，而水管部门却缺乏足够的权力来对其进行约束。在区域管理上，城乡分割、二元结构严重；在功能管理上，部门分割；在依法管理上，政出多门，由此带来缺乏水资源的统一规划、配置和保护。
在现行的水资源管理体制下，管理单位容易失去节水的积极性。尤其在农村地区，溉区处于“事业单位，企业管理”的两难境地，既没有法律地位，又缺乏经营管理自主权。作为事业单位，没有人事部门下达的行政编制，财政部门不安排事业经费；同时又要求它实行企业办法管理，那么就可能鼓励用水单位个人多用水以增加收益；但它们既没有法律地位，又受多种限制，不能像企业那样追求利润，比如某溉区虽然节约了水，但可能被无偿地调给其它部门，严重地影响了节水的积极性。
3、农业水资源保护制度不具体
立法要注重科学性，严密性和可操作性。如农业水资源保护在现有的水资源保护法规中都是目标式的宣言，普遍存在着原则性和倡导性的内容以及处罚力度弱等问题，具体可操作的制度很少，如
水法的第
25条、第
35条、第
50条；
水污染防治法的第
37条；
农业法的第
19条等。相关单行法禁则多，罚则少，对某些违法行为处罚力度不够，罚款额度过低等。没有具体的制度保证，水资源保护工作也就不可能搞好。
