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我国在水资源紧缺的同时，还存在着严重的用水浪费现象，:农业用水占用水总量的70%左右，，但灌溉用水有效利用率仅有25%-40%。农业长期采用粗放型灌溉方式，灌溉水量超过农作物生产所需要水量的1/3甚至1倍以上，浪费严重。我国农业灌溉平均每亩用水488立方米，农灌用水利用系数仅为0.43，而许多国家已达到0.7-0.8，每年灌溉用水量约3800多亿立方米，有效利用率仅有40%-50%，而许多发达国家已达到70%-80%。在我国西北干旱半干旱地区，缺水程度比全国平均严重，而且水资源的使用效率是全国三大地区中最低的、最短缺的资源，并遭到了最大的浪费。东北的黑龙江，农业水资源短缺与粗放低效利用的状况并存，而农业水资源粗放低效利用，又加剧了农业水资源短缺程度，造成水资源浪费。黑龙江省农业灌溉用水占社会用水量的70%，而农田灌溉水的有效利用率多数只有40%左右，一些农业发达省份已达到70%-80%，相差一倍多。
2、天灾、洪涝、干旱造成农业水资源的损失严重
我国土地面积大，各地气候不一，是洪涝干旱频发且又严重身受其害的国家，南方经常洪涝成灾，北方却常年干旱。
洪水灾害就其危险程度而言，位列各类自然灾害之首，全国5 亿多亩耕地面临着洪水灾害的威胁。据统计，每年因洪涝灾害造成的损失在100亿元以上。从1990年以来，国家每年对防洪的投入都在200亿元左右。全国洪水灾害的累积损失已超过一万亿元，相当于同期国家财政收入的五分之一。根据国家防总2005年10月公布的防汛情况，2005年，全国农作物受灾面积16171千公顷，成灾面积94千公顷，直接经济损失1558亿元。
中国干旱的频发，已威胁到粮食安全的可持续发展。据统计，仅今年前七个月，全国耕地受旱面积1.4亿亩，（多年同期受旱面积1.24亿亩），其中作物受害面积1.3亿亩，（重旱4700万亩），有588万人、470万头大牲畜，因干旱发生饮水困难。这已成为农业生产发展的主要限制因素。
3、农业水资源污染严重
中国的水污染十分严重，世界银行2001年发展报告列举的世界污染最严重的20个城市中，中国就占了16个。据有关部门对全国13.46万公里河流和322座水库进行的水质评价，近40%的河水受到了严重污染。全国七大水系412个监测断面中，劣Ｖ类的水占27.9%，即近1/3用于农业灌溉的水质都不合格。截止到2005年，我国水体的70%以上已遭到污染，造成的损失约占当年GDP的40%左右，水环境污染使中国的发展成本比世界平均水平高7%。自2005年松花江事件以来，我国共发生130多起水污染事故，平均每两至三天便发生一起与水有关的污染事故。目前，我国的水污染已出现由支流向主干延伸；由城市向农村蔓延；由地表水向地下水渗透；由陆地向沿海扩张的发展趋势。利用污水灌溉是我国农田污染的主要污染源，这致使水污染日益严重。以黑龙江省为例，目前，该省工业污水排放量每年约为10亿立方米 ，大部分污水未经处理直接排入江河，又被灌溉到农田里。另外，还有来自农业自身的污染。长期以来，由于在农业生产中不合理地或过量地施用化肥和化学农药，也造成了对农业水资源的污染。
4、水土流失面积大
我国是世界上水土流失最严重的国家之一，截止到2005年，全国共有水土流失面积356万平方公里，占国土总面积的37%。东北黑土区水土流失面积27.5万平方公里，占总土面积的26.8% 。由于水土流失导致的土地沙化严重，目前全国已有168.9万平方公里的土地沙化，其中116万平方公里仅靠现有技术难以治理，90多万平方公里的土地正处于明显的沙化过程。我国水土流失范围广，而且主要是坡耕地，降低了土地生产力，使粮食欠产严重。
5、水生态破坏加剧
由于人类不合理的水资源利用，特别是过度开发利用水资源、地下水资源、生产与生活造成的水污染等，给水生态系统带来了巨大的压力。国际公认的流域水资源利用率警戒线为30%-40%，而我国大部分的水资源利用率已经超过该警戒线，如淮河为60%，黄河为62%，辽河为65%。水资源的过度开发利用使水生态系统面临着严峻的挑战，大多数城镇因工业、生活水排放和农业面源污染超过了当地水系生态自我修复的临界点，不仅引发了大量的水生物种的消失，而且导致蓝藻爆发，使水质不断恶化。
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