（二）在《
环境保护法》中规定公平合理的排污权初始分配机制，将排污权交易作为一项法律制度写入《
环境保护法》
笔者认为在我国建立完善的排污权交易法律制度，第二迫切需要解决的就是要从立法上建立一套合理公平的排污权初始分配机制，并将排污权交易作为《
环境保护法》的一项基本法律制度确立下来，制定排污权交易的实施细则。进行排污权初始分配首先就要确定一个地区的排污总量问题。对于排污总量的确定问题我国法律法规或规范性文件中已经有了一些相应的规定标准，如：《污水综合排放标准》、《大气污染排放标准》、《恶臭污染物排放标准》等。9虽然只是一些全国大范围的几大主要污染物的总量标准，但对于地方上制定更为科学、准确、更严格具体的标准无疑是提供了法律指导。然而对于排污权交易中的首要工作即如何在总量控制的情形下合理解决排污权的第一次分配问题就显得尤为重要。因为如果无法将排污权合理分配出去，接下来的排污权交易市场操作工作就无从做起。排污权初始分配不合理不公平将会严重影响排污权交易这一减少污染的经济手段难以发挥其市场灵活性的功用。
1、确立排污权初始分配的主体是建立合理公平的排污权初始分配机制的第一步
笔者建议可以通过建立一个上述独立于地方行政辖区的跨区域环境管理机构来作为排污权初始分配的主体，并从行政法的角度赋予它们独立于高于地方政府环境保护权限的地位。因为按环境区域来划分管理机构有利于从一个整体的自然环境区域来统一控制污染，而不会象现在的情形，由一个行政管理机关按行政辖区的划分来管理一个大的环境区域内小范围的污染问题，这必将造成天然环境，如：湖泊、江河、海域、森林等自然生态系统的人为割裂，致使当出现“边界纠纷”时各地方互相推诿责任，不能有效合理地解决环境污染问题。然而这样的边界纠纷却是因为在环境保护工作中有着行政区域的划分导致的。这样的边界冲突问题显得是那么得不该发生和尴尬。
2、采取以拍卖为主，制约措施和鼓励性政策为辅的方式来进行排污权初始分配是排污权初始分配体系的第二步
笔者认为由于我国的经济发展各地不平衡，相关配套法律制度不够完善，初始分配采取政府无偿分配和政府定价都将导致分配不公和排污权被积聚到某个别企业手中的情况。因此对于我国现在的国情应实行拍卖为主相关制约措施和鼓励性政策为辅的方式来完成排污权初始分配。此种拍卖要由多种市场限定手段的协调来共同进行：首先各个企业先根据自己的生产能力确定排污量并向区域环境管理机关申请确认之后，由该机关规定在拍卖过程中企业只能根据自己申请的排污量为限参加拍卖，以此控制排污权不会一次性集中到某个企业。其次就是具体的拍卖工作，举例如下：某一环境区域管理机构经监测确定了一定的排污控制总量是10000t，这一区域有A,B,C三家企业分别根据上年实际排污量和本年生产经营发展状况对自己的排污量进行预测并申请环境区域管理机构确认，分别是A：7000t，B：3000t，C：2000t，其中A企业的污染治理费用是50元/吨、B企业是60元/吨、C企业是70元/吨,这时环境区域管理机构预先根据市场信息标出一个拍卖低价45元/吨，这样通过充分发挥拍卖的价格竞投作用，最终使得C企业以61元/吨的价格购得2000t排污权，B企业以51元/吨的价格买到3000t排污权，A企业以46元/吨的价格购得剩下的5000t排污权，这样就让污染治理成本最小的A企业来治理它剩下的2000t排污量。通过上述方式既能使排污权初始分配问题得到合理解决不会产生分配不公和企业囤积排污权的现象，又能使污染治理技术最高治理成本费用最小的企业来承担治理污染的责任，更能促进各企业努力改进技术减少排污量，从而达到优化环境资源。然而对于新建企业，区域环境管理机关则可以通过事先预留一部分排污权对其再进行拍卖来满足其辖区内各个行政区域经济发展的要求。再次，拍卖完成后，还要制定一些制约措施和鼓励性政策来对排污权分配加以完善。比如区域环境管理机关在每一笔排污权交易中,可以利用经济杠杆的方式收取一定比例的“交易税”来影响企业之间的排污权交易行为, 即规定企业只能将节余的排污权卖给区域环境管理机关并交纳一定的交易手续费，再由区域环境管理机关将收购的排污权再行拍卖给其他企业。由此可以避免企业以不合法手段对排污权价格任意哄抬和囤积居奇，也增强了区域环境管理机关在排污权交易中的宏观调控作用。此外还可以建立相应的鼓励性政策,比如对积极减少排放、积极出售排污权的企业从资金、税收、技术等方面予以扶持，来促使排污权的再次分配和交易，充分发挥排污权交易制度的市场灵活性和优化环境资源的功能。
