四、建立合理公平的排污权初始分配制度
鉴于对上述第三大点排污权交易试点工作中出现问题的分析，笔者认为要想在全国推行排污权交易，建立完善的排污权交易法律制度，最迫切需要解决的问题有两个方面：
（一）修改《
环境保护法》建立区域环境管理机构来统一规范排污权交易市场
要想建立完善的排污权交易法律制度，笔者建议首先要以立法或者修改《
环境保护法》的方式在全国按环境要素区域的划分来建立几个大的独立于行政管辖之外的机构，这样一个机构可以不受各地政府的管辖而是直接隶属于中央，也就是说这个机构可以按照自然环境区域的科学划分来统一规范辖区内的排污权交易市场、统一解决辖区内的环境污染纠纷、统一保护和控制辖区内的环境及污染问题。现今我国虽然已经建立了长江和黄河流域的水资源保护局，但这个机构的主要职责是：负责水资源保护有关法规的实施和监督检查，协助组织并负责指导拟订流域水资源保护规划和水生态保护规划，统一规划流域内水环境监测站网等。不难看出他们的权责还是限于监督和协助当地政府的环保工作，并没有被赋予独立处理环境保护事务的权力和地位。笔者提出在《
环境保护法》的修改工作中为区域环境管理机构单设一章，明确它的主体资格和具体的权限和职责，以及详细的法律责任。
建立区域环境管理机构的理由是：合理的排污权初始分配、规范的排污权交易市场和现今的日益恶化的环境边界冲突等问题的解决都有赖于一个管理有效的环境区域管理机关的建立。具体来说：从环境科学角度来说，因为环境容量是环境区域自净能力的总量，只能根据环境区域来计算而不能按行政区划来计算（例如长江整个流域横跨若干省市，不能把长江流域按行政区域人为地隔断），所以我们应当选择建立与我国海域或流域等环境单位相对应的独立的环保机构处理排污权交易、保护环境等相关的事务。所有上述分析过的地方保护主义严重、“边界冲突”严重等问题大都是由于现在的排污权交易的监督管理权力还在各个当地政府机关手中，所以各个当地政府为了保护当地经济就很难会严格执行排污总量，甚至会限制排污权交易制度的推行。
其次，在建立区域环境管理机构的同时，要用建立或修改相关行政法的手段来赋予它可以高于当地政府管理环境的权限和直接由国家垂直管理的地位，使其不会受到当地政府的限制，或者能直接指导当地各个政府进行相关排污权交易、环境保护的配套工作。这样它在解决边界环境纠纷问题时就不会出现受限于当地政府而无法作出公正妥善的解决办法的结果。要协调好这方面的关系和利益还要有待于相关行政法律法规的配套改革。
最后笔者认为建立区域环境管理机构的好处是：一是统一管理有利于实现对环境的有效保护，因为一个区域的环境保护由一个机构来管理更利于操作和及时发现环境容量的变化；二是有利于实现权力与责任的统一，将发放排污权与监督企业排污的权力集中于一个机构，更有利于明确责任和在出现问题时找到能够独立承担责任的主体；三是有利于在一个环境区域内进行排污权交易，打破了行政区域的限制，更有利于高效益低污染的企业在更广阔的领域内实现资源合理配置；四是有利于在一个环境区域解决污染纠纷，突破行政的疆界，在出现各个环境区域之间的纠纷时，可以更多的从保护环境和治理污染的角度处理问题，而不会受制于当地经济发展的需求，从而对于环境污染纠纷的处理更科学更合理。
