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（5）其主要目的是创立一种跨越部门、行业或区域的综合管理框架，确保生态系统的生产力、生态系统的健康和人类对生态系统的可持续利用，以达到创造和实现多元惠益。
综合生态系统管理方法的主要特征如下：（1）综合性。（2）可持续性。（3）科学性。（4）和谐性。它强调并追求人与自然的和谐共处，统筹实现城乡发展、区域发展、经济社会发展以及人与自然的和谐发展（5）灵活性。它是适应性管理，是一种因时因地制宜、与时俱进的一种管理方式。
（二）综合生态系统方法的主要内容
综合生态系统管理的主要内容，主要指综合生态系统管理的各种原则、准则和指南。《综合生态系统管理（第V/6号）》提到的5项实施性导则是：
（1）综合生态管理是有关土地、水、和生物资源综合管理的策略，目的是采用一种公平的方法促进它们的保护和可持续利用。
（2）综合生态管理是建立在合理的科技方法利用的基础上的，特别是关于生物圈各层次的研究。生物圈包括有机体以及它们环境间的基本结构、程序、功能、相互作用。它承认人类及它的文化多样性是构成许多生态系统的重要组成部分。
（3）对结构、程序、功能和相互作用的关注是符合生态系统的定义的。《生物多样性公约》的第二条对“生态系统”的定义是：“生态系统是指植物、动物和微生物群落和它们的无生命环境交互作用形成的、作为一个功能单位的动态复合体（a dynamic complex）。
（4）综合生态管理要求采用合适的管理方法来处理生态系统的复杂和动态性问题，并要解决对生态系统功能认识上的不足这个问题。
（5）综合生态管理并不排斥其他的管理和保持方法，例如生物圈保护、保护区、单一种类保护项目，以及在现行国家政策和立法框架下的其他方法。
综合生态系统管理（第V/6号）的12项原则是：
（1）确定土地、水及其他生命资源管理目标是一种社会选择；
（2）应将管理下放到最低的适当层级；
（3）生态系统管理者应考虑其活动对邻接的和其他的生态系统的 (实际的和潜在的) 影响；
（4）考虑到管理带来的潜在收益，通常需要从经济学的角度来理解和管理生态系统；
（5）为了保持生态系统服务, 保护生态系统结构和功能应成为生态系统方法的一个优先管理目标；
（6）生态系统的管理必须以其自然功能为界限；
（7）应在适当的时空范围实行生态系统方式；
（8）认识到生态系统进程的特点是时限的变化性和效应的滞后性，应从长远制定生态系统管理的目标；
（9）管理必须认识到变化的必然性；
（10）生态系统方式应寻求生物多样性保护与利用间的适当平衡与统一；
（11）生态系统方式应该考虑各种形式的有关信息，包括科学知识、土著民和当地人的知识、创新的和习惯；
（12）生态系统方式应该要求所有相关的社会部门和科学部门参与。
综合生态系统管理的12项原则不仅仅是理论，更是实施的行为指南。
（三）综合生态系统管理的作用和意义
综合生态系统方法对环境资源管理和生态法制建设具有重要的理论和实践意义。
在理论方面，综合生态系统方法对促进我国的生态法学理论和环境资源法学理论及整个法学理论的进一步发展具有重要的意义，包括其基本理念的启迪作用、基本原则的指导作用。
在实践方面，主要具有如下作用：
（1）它是实施、履行《生物多样性公约》、协调各相关国际环境资源公约的一种科学方法。
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