根据我国法律的规定，法律的具体实施机构通常是各级地方政府，而不是中央政府。环境法也不例外。本文此处强调中央政府在实施法律中的作用并不是认为应由中央政府代替地方政府直接实施法律，而是要加强中央政府监督地方政府实施法律的能力。如保留直接查处权。
第二，建立有效的政府监督检查机制。对环境行政主管部门而言，发放排污许可证既是一种权利，更是一种责任。环境行政机关应该对行政许可进行长期的监督检查，保证排污企业保持其取得行政许可时法律所规定的条件。实践中行政机关对排污许可采取定期检查的方式以及排污企业定期填写特定报表的方式进行监督，条件成熟的企业则安装了在线监测设施，实行实时监督。应该说这些都是有效的行政监察方式：实地检查是直接监管的重要方式，但是应该注意避免影响企业的正常生产；书面审查方式体现了行政监管由直接监管向间接监管转化的进步，但是应该采取措施保证书面材料的真实准确性；实时监督的方式应该在有条件的企业加以推广。今后，应该建立或完善诸如个人、组织举报投诉、排污企业自我监督检查等监察方式，调动社会各方面的力量来完善监管程序；同时，应按照《
行政许可法》的相关规定规范行政机关在行政监察过程中有可能损害排污企业的行为。
第三，建立政府实施许可证制度的行政责任追究制。根据《
环境保护法》第
16条所要求的各级政府对所辖区环境质量负责和其他法律的规定，20世纪90年代以来，各省和各部委纷纷建立了环保行政责任追究制。目前环保行政责任追究制主要适用于两类行为：一是决策失误；一是执法失误。[6]如果将这一制度用于保障排污许可制度的实施，会改善政府的排污许可制度实施机制。根据笔者对广州市若干排污企业的调查，排污许可证已经实施了多年，但是企业并未感到该制度的压力和威力。主要原因是，政府对违反许可证排污者的处罚没有到位，或者是不处罚，或者是处罚太轻，排污指标没有硬约束，企业因此不在意指标的多少，也不认真对待指标的使用情况。所以，必须采取各种措施，保障政府执法到位，除了配备相应的人力、物力资源外，建立执法责任追究制也是必要的。
2．市民实施机制
市民实施指市民参与下的实施，赋予市民一定的监督权和执法权。由于政府资源和能力的有限性，将政府的部分环境管理权和责任转移给社会，如当地居民、社区和非政府组织等是国际趋势。将排污者置于公众的监督之下，对其遵守排污许可证和其它法律要求有重要促进作用。中国虽然已经建立了公众投诉、检举、控告等制度，但是总的来说，公众参与环境保护的热情和能力仍然不充分。主要障碍有两个：一是参与的渠道不畅通；二是参与能力不高。
当前情况下，公众，特别是草要阶层没有足够的知识和技巧参与到环境事务，进行公众参与的能力建设是当务之急，政府有义务向公众提供与排污许可证的相关信息、培训、指引等。一些国家的法律还要求排污者也有义务加入公众参与能力建议的过程。美国《清洁空气法》允许联邦环保局在许可过程中运用更大的自由裁量权来增加社区参与和建设社区的实施能力。该法第504条（a）款规定：“每一个依本章发放的许可证应包括…诸如为确保遵守本章适用的要求所必要的条件”。据此，环保局可以在许可中要求那些领取清洁空气法中的许可证的人采取一定的行动提供公众参与的途径，加强受影响社区参与的能力，以保障许可设施遵守适用的
环境保护法。这些条件包括提供为监督许可设施运作情况所需要的信息，以及增加市民团体参加监督和保障履行所需要的资源等。[7]现实中，许多企业利用其技术和专业上的优势垄断信息，侵害公共利益，为了利益平衡，法律应责成排污者承担一定的义务，改善公众参与排污许可管理过程的能力。
